[日本語] English
万見
- PDB-7xhf: Crystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xhf
タイトルCrystal structure of the NTF2L domain of human G3BP1 in complex with the USP10 derived peptide
要素
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
  • USP10/6-21
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex / Stress granules / Lipid-lipid phase separation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / positive regulation of type I interferon production / ribosomal small subunit binding / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / defense response to virus ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / positive regulation of type I interferon production / ribosomal small subunit binding / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / defense response to virus / perikaryon / endonuclease activity / DNA helicase / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / focal adhesion / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Dan, S. / Weimin, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Yin and yang regulation of stress granules by Caprin-1.
著者: Song, D. / Kuang, L. / Yang, L. / Wang, L. / Li, H. / Li, X. / Zhu, Z. / Shi, C. / Zhu, H. / Gong, W.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: USP10/6-21
D: USP10/6-21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7004
ポリマ－35,7004
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.874, 81.874, 94.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15899.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド USP10/6-21


分子量: 1951.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0; 19 % w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→70.9 Å / Num. obs: 9910 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 57.1
反射 シェル解像度: 2.68→2.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 528 / CC1/2: 0.934 / Rpim(I) all: 0.187 / Rrim(I) all: 0.561

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4fcj

4fcj


解像度: 2.68→70.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.211 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.549 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 482 4.9 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
obs0.2127 9408 92.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.3 Å2 / Biso mean: 54.434 Å2 / Biso min: 27.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0.37 Å2-0 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---2.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→70.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2258 0 0 0 2258
残基数----280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9143259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02835038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3265293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04923.657134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.54615379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8531516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02662
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.745 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 27 -
Rwork0.251 721 -
obs--95.77 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る