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- PDB-7xh6: Crystal structure of CBP bromodomain liganded with CCS1477 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xh6
タイトルCrystal structure of CBP bromodomain liganded with CCS1477
要素CREB-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / Histone acetyltransferase / CBP / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Attenuation phase / cellular response to nutrient levels / canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RORA activates gene expression / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / protein destabilization / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Evasion by RSV of host interferon responses / chromatin DNA binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / transcription coactivator binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of protein localization to nucleus / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / Circadian Clock / rhythmic process / TRAF3-dependent IRF activation pathway / HATs acetylate histones / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / response to hypoxia / nuclear body / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JHL / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Xu, H. / Xiang, Q. / Wang, C. / Zhang, C. / Luo, G. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22007088 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural insights revealed by the cocrystal structure of CCS1477 in complex with CBP bromodomain
著者: Xu, H. / Luo, G. / Wu, T. / Hu, J. / Wang, C. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y. / Xiang, Q.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0226
ポリマ－31,7832
非ポリマー1,2394
水1,51384
1
A: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5964
ポリマ－15,8911
非ポリマー7053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area6830 Å2
手法PISA
2
B: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4262
ポリマ－15,8911
非ポリマー5351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.457, 33.713, 78.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 15891.296 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1081-1197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-JHL / (6S)-1-[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]-6-[5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-(4-methoxycyclohexyl)benzimidazol-2-yl]piperidin-2-one / CCS1477 / Inobrodib


分子量: 534.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H32F2N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2% v/v Tacsimate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 197 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→78.03 Å / Num. obs: 25492 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.785.70.612798514020.810.2750.6732.595.8
8.92-19.625.60.02911272020.9990.0130.03138.290.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XXH

5xxh


解像度: 1.75→78.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.725 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1225 4.8 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1913 24255 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.7 Å2 / Biso mean: 33.365 Å2 / Biso min: 16.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0.71 Å2
2---1.3 Å2-0 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→78.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 88 84 2046
Biso mean--31.67 33.56 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6722.0232819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1683.0124333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.065231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20624.706102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.81415341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4921512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02414
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 84 -
Rwork0.247 1726 -
all-1810 -
obs--96.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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