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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xh2 | ||||||
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タイトル | Dihydrofolate Reductase-like Protein SacH in safracin biosynthesis | ||||||
要素 | Uncharacterized protein sfcH | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / reductase / safracin biosynthesis / self-resistance. | ||||||
機能・相同性 | 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / riboflavin biosynthetic process / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / Chem-NDP / Uncharacterized protein sfcH 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, X. / Shao, N. / Ma, M. / Tang, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023 タイトル: Dihydrofolate reductase-like protein inactivates hemiaminal pharmacophore for self-resistance in safracin biosynthesis. 著者: Shao, N. / Ma, X. / Zhang, Y.Y. / Yang, D. / Ma, M. / Tang, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xh2.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xh2.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xh2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xh2_validation.pdf.gz | 725.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xh2_full_validation.pdf.gz | 728.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xh2_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xh2_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/7xh2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xh4C 2xw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22018.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5JCL3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% (w/v) PEG 1500, 100mM PCB buffer pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→29.84 Å / Num. obs: 5881 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 46.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Num. unique obs: 589 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XW7 解像度: 2.8→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.791 / SU B: 17.867 / SU ML: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.88 Å2 / Biso mean: 30.536 Å2 / Biso min: 3.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→29.84 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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