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- PDB-7xfr: Crystal structure of WIPI2b in complex with the second site of ATG16L1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xfr
タイトルCrystal structure of WIPI2b in complex with the second site of ATG16L1
要素
  • Autophagy-related protein 16-1
  • Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / WIPI2b / ATG16L1
機能・相同性
機能・相同性情報


C-terminal protein lipidation / Atg12-Atg5-Atg16 complex / negative regulation of dendrite extension / vacuole-isolation membrane contact site / ubiquitin-like protein transferase activity / microautophagy / dendrite arborization / xenophagy / corpus callosum development / protein localization to phagophore assembly site ...C-terminal protein lipidation / Atg12-Atg5-Atg16 complex / negative regulation of dendrite extension / vacuole-isolation membrane contact site / ubiquitin-like protein transferase activity / microautophagy / dendrite arborization / xenophagy / corpus callosum development / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / negative stranded viral RNA replication / endolysosome membrane / axonal transport / Macroautophagy / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / positive regulation of autophagy / autophagosome / hippocampus development / macroautophagy / protein transport / GTPase binding / defense response to virus / axon / glutamatergic synapse / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 16 / Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...Autophagy-related protein 16 / Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 16-1 / Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Gong, X.Y. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: ATG16L1 adopts a dual-binding site mode to interact with WIPI2b in autophagy.
著者: Gong, X. / Wang, Y. / Tang, Y. / Wang, Y. / Zhang, M. / Li, M. / Zhang, Y. / Pan, L.
履歴
登録2022年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2
B: Autophagy-related protein 16-1
C: Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2
D: Autophagy-related protein 16-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2534
ポリマ－86,2534
非ポリマー00
水7,638424
1
A: Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2
B: Autophagy-related protein 16-1

C: Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2
D: Autophagy-related protein 16-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2534
ポリマ－86,2534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)74.199, 80.630, 76.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.326, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 2 / WIPI-2 / WIPI49-like protein 2


分子量: 35310.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WIPI2, CGI-50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4P8-2
#2: タンパク質 Autophagy-related protein 16-1 / APG16-like 1


分子量: 7815.774 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG16L1, APG16L, UNQ9393/PRO34307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q676U5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate(pH 6.5), 12% w/v Polyethylene glycol 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→73.59 Å / Num. obs: 83257 / % possible obs: 93.71 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.73 Å2 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/av σ(I): 24.4 / Net I/σ(I): 24.71
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 4440 / Rrim(I) all: 0.748

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTG

5ltg


解像度: 1.76→24.99 Å / SU ML: 0.1383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.7137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 4058 4.88 %
Rwork0.1645 79140 -
obs0.1659 83198 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5932 0 0 424 6356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97228269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.50692305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.780.25491620.22752879X-RAY DIFFRACTION99.97
1.78-1.80.25961510.21482884X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.830.20561370.19582942X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.850.2261560.1942870X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.23971680.18922891X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.90.24741710.18612850X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.199820.19161652X-RAY DIFFRACTION56.83
1.93-1.960.22121430.172926X-RAY DIFFRACTION100
1.96-1.990.21071480.1672914X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.030.20051670.16862861X-RAY DIFFRACTION99.97
2.03-2.060.21381320.17172689X-RAY DIFFRACTION96.21
2.09-2.10.2108560.1611350X-RAY DIFFRACTION99.58
2.1-2.150.21311510.16012886X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.20641610.16692910X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.240.18921340.16692659X-RAY DIFFRACTION98.62
2.26-2.30.2177850.16991766X-RAY DIFFRACTION98.98
2.3-2.360.17711620.17212912X-RAY DIFFRACTION99.97
2.36-2.430.21311440.16852929X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.510.21631350.16622914X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.18031450.17072900X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.21871480.17972902X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.830.21681500.17562925X-RAY DIFFRACTION99.94
2.83-2.980.21591360.1722946X-RAY DIFFRACTION99.87
2.98-3.160.19191610.17582893X-RAY DIFFRACTION99.97
3.16-3.410.20931440.17232911X-RAY DIFFRACTION99.9
3.41-3.750.18491040.15612299X-RAY DIFFRACTION78.04
3.75-4.290.17551300.1482767X-RAY DIFFRACTION93.27
4.29-5.390.13391490.12832947X-RAY DIFFRACTION99.87
5.39-24.990.20011460.17982966X-RAY DIFFRACTION98.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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