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- PDB-7xf0: Crystal strucutre of CasDinG in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xf0
タイトルCrystal strucutre of CasDinG in complex with ATP
要素CasDinG
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Nuclease
機能・相同性P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, J.T. / Cui, N. / Liu, Y.R. / Huang, H.D. / Jia, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Type IV-A CRISPR-Csf complex: Assembly, dsDNA targeting, and CasDinG recruitment.
著者: Ning Cui / Jun-Tao Zhang / Yongrui Liu / Yanhong Liu / Xiao-Yu Liu / Chongyuan Wang / Hongda Huang / Ning Jia /
要旨: Type IV CRISPR-Cas systems, which are primarily found on plasmids and exhibit a strong plasmid-targeting preference, are the only one of the six known CRISPR-Cas types for which the mechanistic ...Type IV CRISPR-Cas systems, which are primarily found on plasmids and exhibit a strong plasmid-targeting preference, are the only one of the six known CRISPR-Cas types for which the mechanistic details of their function remain unknown. Here, we provide high-resolution functional snapshots of type IV-A Csf complexes before and after target dsDNA binding, either in the absence or presence of CasDinG, revealing the mechanisms underlying Csf complex assembly, "DWN" PAM-dependent dsDNA targeting, R-loop formation, and CasDinG recruitment. Furthermore, we establish that CasDinG, a signature DinG family helicase, harbors ssDNA-stimulated ATPase activity and ATP-dependent 5'-3' DNA helicase activity. In addition, we show that CasDinG unwinds the non-target strand (NTS) and target strand (TS) of target dsDNA from the Csf complex. These molecular details advance our mechanistic understanding of type IV-A CRISPR-Csf function and should enable Csf complexes to be harnessed as genome-engineering tools for biotechnological applications.
履歴
登録2022年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CasDinG
A: CasDinG
B: CasDinG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,3416
ポリマ－203,8203
非ポリマー1,5223
水00
1
C: CasDinG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4472
ポリマ－67,9401
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
2
A: CasDinG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4472
ポリマ－67,9401
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
3
B: CasDinG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4472
ポリマ－67,9401
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.546, 72.095, 224.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 CasDinG


分子量: 67939.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence based on database WP_088922490.1 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG 6000, 0.1M HEPES 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→38.91 Å / Num. obs: 39721 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 67.01 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 267256 / Scaling rejects: 1205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.237.113136244320.9140.4031.0793100
11.18-38.916.40.08456978890.9880.0360.0921797.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS0.7.1データスケーリング
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FWR

6fwr


解像度: 3.1→38.91 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 2015 5.08 %
Rwork0.2235 37614 -
obs0.2253 39629 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.66 Å2 / Biso mean: 74.3619 Å2 / Biso min: 29.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13604 0 93 0 13697
Biso mean--94.81 --
残基数----1782
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.180.361350.328326632798100
3.18-3.260.3231530.295326602813100
3.26-3.360.3541510.279626102761100
3.36-3.470.30411460.26127002846100
3.47-3.590.29831460.264726582804100
3.59-3.740.3261400.278326482788100
3.74-3.910.25731670.230626542821100
3.91-4.110.23881420.225326932835100
4.11-4.370.26751520.206326822834100
4.37-4.70.22771380.192726802818100
4.7-5.180.21671360.195127192855100
5.18-5.920.27711330.215127232856100
5.92-7.460.2441330.225727332866100
7.46-38.910.20921430.17752791293499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.744-0.1409-0.00261.0668-0.24092.0580.14420.0732-0.10330.0598-0.00490.0705-0.1706-0.2663-0.14160.3554-0.0374-0.02040.32650.00390.311222.6049-31.851132.3567
21.55310.1542-0.56632.694-0.62813.64170.02230.07870.1903-0.16720.1328-0.1252-0.2243-0.2408-0.13730.487-0.09990.0690.3907-0.02790.387236.1741-10.9121-8.6372
32.04990.28820.11311.9386-0.02913.26060.0599-0.14160.0417-0.2479-0.0072-0.4525-0.33590.4457-0.04190.3097-0.0390.08410.4471-0.0880.544476.2689-12.113249.8684
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 5 through 625)C5 - 625
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 8 through 625)A8 - 625
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 6 through 624)B6 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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