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- PDB-7xed: Crystal Structure of OsCIE1-Ubox and OsUBC8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xed
タイトルCrystal Structure of OsCIE1-Ubox and OsUBC8 complex
要素
  • U-box domain-containing protein 12
  • UBC core domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / complex / ubiquitination / Ubox / ligase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site ...PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
UBC core domain-containing protein / U-box domain-containing protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, Y. / Yu, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesYSBR-011 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Release of a ubiquitin brake activates OsCERK1-triggered immunity in rice.
著者: Wang, G. / Chen, X. / Yu, C. / Shi, X. / Lan, W. / Gao, C. / Yang, J. / Dai, H. / Zhang, X. / Zhang, H. / Zhao, B. / Xie, Q. / Yu, N. / He, Z. / Zhang, Y. / Wang, E.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBC core domain-containing protein
C: U-box domain-containing protein 12
B: UBC core domain-containing protein
D: U-box domain-containing protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9854
ポリマ－50,9854
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, OsCIE1-Ubox dimmer can bind two OsUBC8 monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.290, 132.550, 47.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 UBC core domain-containing protein


分子量: 16540.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: OsJ_21490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3BC59
#2: タンパク質 U-box domain-containing protein 12 / Plant U-box protein 12 / OsPUB12 / RING-type E3 ubiquitin transferase PUB12


分子量: 8952.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: PUB12, Os06g0102700, LOC_Os06g01304, OSJNBa0075G19.19-1
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VRH9, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 0.3M Calcium acetate, 20% PEG 3350, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→66.28 Å / Num. obs: 19672 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 75.07 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Num. unique obs: 1418 / CC1/2: 0.341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OXQ

2oxq


解像度: 2.5→43.64 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 29.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1969 10.01 %
Rwork0.2311 17703 -
obs0.2329 19672 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.35 Å2 / Biso mean: 81.4838 Å2 / Biso min: 46.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3441 0 0 26 3467
Biso mean---82.39 -
残基数----454
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.560.44111370.433212331370100
2.56-2.630.43721400.407412651405100
2.63-2.710.38381350.368112121347100
2.71-2.80.28741390.327312491388100
2.8-2.90.35451360.32812301366100
2.9-3.010.39061420.346112761418100
3.01-3.150.36161380.301112351373100
3.15-3.320.30531400.275512561396100
3.32-3.520.29781390.260112511390100
3.52-3.790.27291410.242312701411100
3.8-4.180.2521410.219212681409100
4.18-4.780.21091430.197612831426100
4.78-6.020.21991440.197213011445100
6.02-43.640.17631540.1761374152899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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