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- PDB-7xeb: Collagenase from Grimontia (Vibrio) hollisae 1706B complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xeb
タイトルCollagenase from Grimontia (Vibrio) hollisae 1706B complexed with Gly-Pro-Hyp
要素
  • GLY-PRO-HYP peptide
  • GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
  • Microbial collagenase
キーワードHYDROLASE / Grimontia hollisae / Collagenase
機能・相同性
機能・相同性情報


microbial collagenase / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
microbial collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Grimontia hollisae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Ikeuchi, T. / Yasumoto, M. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Tanaka, K. / Hattori, S. / Yasukawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18KK0285 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Grimontia hollisae collagenase provides insights into its novel substrate specificity toward collagen.
著者: Ikeuchi, T. / Yasumoto, M. / Takita, T. / Tanaka, K. / Kusubata, M. / Hayashida, O. / Hattori, S. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Yasukawa, K.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microbial collagenase
B: Microbial collagenase
C: GLY-PRO-HYP peptide
D: GLY-PRO-HYP peptide
E: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
F: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
G: GLY-PRO-HYP peptide
H: GLY-PRO-HYP peptide
I: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
J: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,91625
ポリマ－127,15410
非ポリマー76215
水2,828157
1
A: Microbial collagenase
C: GLY-PRO-HYP peptide
D: GLY-PRO-HYP peptide
E: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
F: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,11315
ポリマ－63,5775
非ポリマー53610
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Microbial collagenase
G: GLY-PRO-HYP peptide
H: GLY-PRO-HYP peptide
I: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
J: GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,80310
ポリマ－63,5775
非ポリマー2265
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.972, 75.549, 130.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 90 through 144 or resid 146...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 90 through 144 or resid 146...
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2chain "G"
d_4ens_2chain "H"
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3chain "F"
d_3ens_3chain "I"
d_4ens_3chain "J"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUTHRA1 - 55
d_12ens_1THRPHEA57 - 85
d_13ens_1ASNILEA87 - 291
d_14ens_1SERALAA293 - 311
d_15ens_1ASPTYRA313 - 475
d_16ens_1TRPGLYA477 - 533
d_17ens_1ZNZNB
d_18ens_1CACAC
d_19ens_1CACAD
d_110ens_1CACAE
d_21ens_1GLUTHRG1 - 55
d_22ens_1THRPHEG57 - 85
d_23ens_1ASNILEG87 - 291
d_24ens_1SERALAG293 - 311
d_25ens_1ASPTYRG313 - 475
d_26ens_1TRPGLYG477 - 533
d_27ens_1ZNZNH
d_28ens_1CACAI
d_29ens_1CACAJ
d_210ens_1CACAK
d_11ens_2GLYHYPM1 - 3
d_21ens_2GLYHYPN1 - 3
d_31ens_2GLYHYPQ1 - 3
d_41ens_2GLYHYPR1 - 3
d_11ens_3GLYHYPO1 - 6
d_21ens_3GLYHYPP1 - 6
d_31ens_3GLYHYPS1 - 6
d_41ens_3GLYHYPT1 - 6

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Microbial collagenase


分子量: 61901.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grimontia hollisae (バクテリア) / プラスミド: pNY326 / 発現宿主: Brevibacillus (バクテリア) / 参照: UniProt: F7IZI6, microbial collagenase

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タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 CDGHEFIJ

#2: タンパク質・ペプチド
GLY-PRO-HYP peptide


分子量: 285.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド
GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP peptide


分子量: 552.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 172分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Cacodylic acid sodium salt, 0.2M Calcium acetate, 18%(w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 54059 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 47.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 12.38
反射 シェル解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 3.84 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 8681 / CC1/2: 0.787 / Rrim(I) all: 0.844 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WSS

7wss


解像度: 2.39→45.41 Å / SU ML: 0.3851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 2702 5 %
Rwork0.2061 51316 -
obs0.2086 54018 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8672 0 30 157 8859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00788962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.945812220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05251281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.87023077
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.53489363184
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.454885280503
ens_2d_3GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.326669676902
ens_2d_4HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.571070181633
ens_3d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.789478517467
ens_3d_3IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.649853345796
ens_3d_4JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.790100581178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.440.39631410.34262693X-RAY DIFFRACTION96.62
2.44-2.480.40491390.31392641X-RAY DIFFRACTION99.46
2.48-2.530.35061420.30722697X-RAY DIFFRACTION98
2.53-2.590.35961420.29822685X-RAY DIFFRACTION98.74
2.59-2.650.35491410.28312680X-RAY DIFFRACTION98.88
2.65-2.720.36341420.27672694X-RAY DIFFRACTION98.34
2.72-2.790.33281420.26872695X-RAY DIFFRACTION98.78
2.79-2.870.2941410.27072686X-RAY DIFFRACTION99.02
2.87-2.960.36381420.28112703X-RAY DIFFRACTION98.68
2.96-3.070.35141420.27642695X-RAY DIFFRACTION98.75
3.07-3.190.31211440.24312720X-RAY DIFFRACTION98.9
3.19-3.340.29111410.23812698X-RAY DIFFRACTION98.99
3.34-3.510.25171430.20962706X-RAY DIFFRACTION98.72
3.51-3.730.23681430.19452725X-RAY DIFFRACTION98.59
3.73-4.020.21611420.17732683X-RAY DIFFRACTION98.16
4.02-4.430.19821420.1442713X-RAY DIFFRACTION98.25
4.43-5.070.15651440.13542718X-RAY DIFFRACTION98.96
5.07-6.380.20371440.16242742X-RAY DIFFRACTION98.67
6.38-45.410.18391450.15182742X-RAY DIFFRACTION96.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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