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- PDB-7wss: Collagenase from Grimontia (Vibrio) hollisae 1706B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wss
タイトルCollagenase from Grimontia (Vibrio) hollisae 1706B
要素Microbial collagenase
キーワードHYDROLASE / Grimontia hollisae / Collagenase
機能・相同性
機能・相同性情報


microbial collagenase / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / microbial collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Grimontia hollisae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Ikeuchi, T. / Yasumoto, M. / Takita, T. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Tanaka, K. / Hattori, S. / Yasukawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18KK0285 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of Grimontia hollisae collagenase provides insights into its novel substrate specificity toward collagen.
著者: Ikeuchi, T. / Yasumoto, M. / Takita, T. / Tanaka, K. / Kusubata, M. / Hayashida, O. / Hattori, S. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Yasukawa, K.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microbial collagenase
B: Microbial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,70743
ポリマ－123,8032
非ポリマー2,90441
水8,611478
1
A: Microbial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,04818
ポリマ－61,9011
非ポリマー1,14717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
2
B: Microbial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,65925
ポリマ－61,9011
非ポリマー1,75724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.939, 75.120, 135.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 90 through 144 or resid 146...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 90 through 144 or resid 146...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUTHRA1 - 55
d_12ens_1THRLYSA57 - 122
d_13ens_1LEULEUA124 - 141
d_14ens_1VALLEUA143 - 195
d_15ens_1ALAASPA197 - 201
d_16ens_1THRALAA203 - 224
d_17ens_1TYRALAA226 - 263
d_18ens_1TYRLEUA265 - 281
d_19ens_1ASPILEA283 - 291
d_110ens_1SERHISA293 - 308
d_111ens_1ALAALAA310 - 311
d_112ens_1ASPGLYA313 - 503
d_113ens_1TRPALAA505 - 506
d_114ens_1TYRGLYA508 - 533
d_115ens_1ZNZNB
d_116ens_1CACAC
d_117ens_1CACAD
d_118ens_1CACAE
d_21ens_1GLUTHRH1 - 55
d_22ens_1THRLYSH57 - 122
d_23ens_1LEULEUH124 - 141
d_24ens_1VALLEUH143 - 195
d_25ens_1ALAASPH197 - 201
d_26ens_1THRALAH203 - 224
d_27ens_1TYRALAH226 - 263
d_28ens_1TYRLEUH265 - 281
d_29ens_1ASPILEH283 - 291
d_210ens_1SERHISH293 - 308
d_211ens_1ALAALAH310 - 311
d_212ens_1ASPGLYH313 - 503
d_213ens_1TRPALAH505 - 506
d_214ens_1TYRGLYH508 - 533
d_215ens_1ZNZNI
d_216ens_1CACAJ
d_217ens_1CACAK
d_218ens_1CACAL

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.255775391295, 0.00308398753244, 0.966731316462), (0.0221509436387, -0.999751068896, -0.00267131766683), (0.966482428657, 0.0220972682263, -0.255780034079)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.255775391295, 0.00308398753244, 0.966731316462), (0.0221509436387, -0.999751068896, -0.00267131766683), (0.966482428657, 0.0220972682263, -0.255780034079)
ベクター: 75.7922690825, -30.5250290174, -97.2293058134)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Microbial collagenase


分子量: 61901.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grimontia hollisae (バクテリア) / プラスミド: pNY326 / 発現宿主: Brevibacillus (バクテリア) / 参照: UniProt: F7IZI6, microbial collagenase

-
非ポリマー , 7種, 519分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M MES/ Sodium hydroxide pH 6.0, 20% (w/v) Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 72941 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.26 % / Biso Wilson estimate: 44.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.32 Å / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 11564 / CC1/2: 0.779 / Rrim(I) all: 0.88 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSver. Feb 5, 2021データ削減
XDSver. Feb 5, 2021データスケーリング
MOLREP11. 7. 01位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.19→44.48 Å / SU ML: 0.316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5143
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 3643 5 %
Rwork0.1859 69217 -
obs0.188 72860 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8436 0 170 478 9084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00678945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.819712112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04741257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.75973117
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.571613754381 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.220.36951340.34712538X-RAY DIFFRACTION94.82
2.22-2.250.41561400.34652654X-RAY DIFFRACTION97.49
2.25-2.280.35731360.30862593X-RAY DIFFRACTION97.46
2.28-2.320.3481410.28072670X-RAY DIFFRACTION99.19
2.32-2.350.31321410.25882671X-RAY DIFFRACTION97.84
2.35-2.390.30181380.2552623X-RAY DIFFRACTION99.03
2.39-2.430.30041380.24372652X-RAY DIFFRACTION98.1
2.43-2.480.30391410.242676X-RAY DIFFRACTION99.12
2.48-2.530.31061390.23222639X-RAY DIFFRACTION98.44
2.53-2.580.30991420.2212682X-RAY DIFFRACTION99.05
2.58-2.630.27151400.24492662X-RAY DIFFRACTION98.84
2.63-2.690.32691400.23522664X-RAY DIFFRACTION98.35
2.69-2.760.30971420.22152679X-RAY DIFFRACTION99.37
2.76-2.840.2981400.22362661X-RAY DIFFRACTION98.91
2.84-2.920.25921410.20392690X-RAY DIFFRACTION98.85
2.92-3.010.25921400.19292653X-RAY DIFFRACTION98.62
3.01-3.120.23831420.20112688X-RAY DIFFRACTION98.95
3.12-3.250.23091390.20272651X-RAY DIFFRACTION99.04
3.25-3.390.24921420.18072685X-RAY DIFFRACTION98.88
3.39-3.570.21771400.16652677X-RAY DIFFRACTION98.6
3.57-3.80.19881410.1572680X-RAY DIFFRACTION97.95
3.8-4.090.16181400.14472650X-RAY DIFFRACTION97.83
4.09-4.50.16061410.12492682X-RAY DIFFRACTION98.36
4.5-5.150.16541430.13182713X-RAY DIFFRACTION98.93
5.15-6.490.1921420.16022699X-RAY DIFFRACTION98.58
6.49-44.480.1641400.16322685X-RAY DIFFRACTION94.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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