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- PDB-7xe9: T4 lysozyme mutant-S44C/C54T/N68C/A93C/C97A/T115C, DMSO 20% -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xe9
タイトルT4 lysozyme mutant-S44C/C54T/N68C/A93C/C97A/T115C, DMSO 20%
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / Intermolecular disulfide symmetry cross-linked crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia virus T4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tamada, T. / Hiromoto, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Creation of Cross-Linked Crystals With Intermolecular Disulfide Bonds Connecting Symmetry-Related Molecules Allows Retention of Tertiary Structure in Different Solvent Conditions.
著者: Hiromoto, T. / Ikura, T. / Honjo, E. / Blaber, M. / Kuroki, R. / Tamada, T.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,38110
ポリマ－18,6681
非ポリマー7139
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area8260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.873, 59.873, 96.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 18667.572 Da / 分子数: 1 / 変異: S44C, C54T, N68C, A93C, C97A, T115C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス) / 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme

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非ポリマー , 6種, 157分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: A crystal was soaked into the precipitant-free solutions containing 20% DMSO.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25.93 Å / Num. obs: 32395 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 21.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3067 / CC1/2: 0.949 / Rrim(I) all: 0.465 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VNR

5vnr


解像度: 1.5→25.93 Å / SU ML: 0.1463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.275
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 2003 6.2 %
Rwork0.2016 30287 -
obs0.2035 32290 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 42 148 1480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21571915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0827208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2102217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.30591360.25182029X-RAY DIFFRACTION93.8
1.54-1.580.27151390.24072099X-RAY DIFFRACTION99.2
1.58-1.630.23551410.23782140X-RAY DIFFRACTION99.17
1.63-1.680.22021370.21722121X-RAY DIFFRACTION99.3
1.68-1.740.22361430.22732152X-RAY DIFFRACTION99.48
1.74-1.810.24721400.22082170X-RAY DIFFRACTION99.78
1.81-1.890.26031460.22752164X-RAY DIFFRACTION99.74
1.89-1.990.23841440.21362161X-RAY DIFFRACTION99.74
1.99-2.110.21191470.2062140X-RAY DIFFRACTION99.83
2.11-2.280.25561460.19512162X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.24921470.21242204X-RAY DIFFRACTION99.87
2.51-2.870.20721470.20782195X-RAY DIFFRACTION99.91
2.87-3.610.21231440.18932229X-RAY DIFFRACTION99.71
3.61-25.930.23861460.1872321X-RAY DIFFRACTION98.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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