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- PDB-7xe2: Crystal structure of LSD2 in complex with trans-4-Br-PCPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xe2
タイトルCrystal structure of LSD2 in complex with trans-4-Br-PCPA
要素Lysine-specific histone demethylase 1B
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEMETHYLASE / AMINE OXIDASE / CHROMATIN / HISTONE / FAD / MECHANISM-BASED INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / genomic imprinting / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / UCH proteinases ...epigenetic programing of female pronucleus / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / genomic imprinting / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / FAD binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / HDMs demethylate histones / UCH proteinases / nucleosome / histone binding / oxidoreductase activity / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily ...Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-bromophenyl)propanal / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / CITRATE ANION / TRIETHYLENE GLYCOL / Lysine-specific histone demethylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Niwa, H. / Sato, S. / Umehara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06461, 20H03388, 20K21406 日本
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Structure-Activity Relationship and In Silico Evaluation of cis- and trans-PCPA-Derived Inhibitors of LSD1 and LSD2
著者: Niwa, H. / Watanabe, C. / Sato, S. / Harada, T. / Watanabe, H. / Tabusa, R. / Fukasawa, S. / Shiobara, A. / Hashimoto, T. / Ohno, O. / Nakamura, K. / Tsuganezawa, K. / Tanaka, A. / Shirouzu, ...著者: Niwa, H. / Watanabe, C. / Sato, S. / Harada, T. / Watanabe, H. / Tabusa, R. / Fukasawa, S. / Shiobara, A. / Hashimoto, T. / Ohno, O. / Nakamura, K. / Tsuganezawa, K. / Tanaka, A. / Shirouzu, M. / Honma, T. / Matsuno, K. / Umehara, T.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
B: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,21623
ポリマ－178,0292
非ポリマー5,18721
水17,457969
1
A: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,91614
ポリマ－89,0151
非ポリマー2,90113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific histone demethylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3009
ポリマ－89,0151
非ポリマー2,2868
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.582, 170.082, 201.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1452-

HOH

21A-1466-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1B / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 1 / Lysine-specific histone demethylase 2


分子量: 89014.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1B, AOF1, C6orf193, LSD2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB78, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase

-
非ポリマー , 7種, 990分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-DIJ / 3-(4-bromophenyl)propanal / 4-ブロモベンゼンプロパナ-ル


分子量: 213.071 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9BrO
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.33 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 300mM Ammonium citrate, 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.16 Å / Num. obs: 152020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 33.44 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.965 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FWE

4fwe


解像度: 2.05→46.56 Å / SU ML: 0.218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 21.426
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 7595 5.01 %
Rwork0.167 --
obs0.168 151961 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11801 0 315 969 13085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86316936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0224720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.080.34994500.32148193X-RAY DIFFRACTION88
2.08-2.10.31114590.27379482X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.27574690.25929357X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.150.27565280.24299339X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.180.24834970.22649471X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.210.25774740.21879458X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.240.24265420.21619287X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.280.25434710.21269471X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.310.23054650.20879390X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.350.22785180.20479396X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.390.25164990.20199379X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.24664820.20169402X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.480.22555010.19079382X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.2264950.18399457X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.590.22845250.17979404X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.650.21234960.17889327X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.21865080.17429459X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.790.21794700.17739388X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.23984720.18319447X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.960.2345450.18859296X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.070.21735090.18349456X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.190.19484780.17059439X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.340.184880.16629433X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.510.18154970.15799349X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.730.16155450.14759356X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.020.1675020.1339357X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.420.14554590.12449480X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.060.14195010.12219394X-RAY DIFFRACTION100
5.06-6.380.16184840.14289398X-RAY DIFFRACTION100
6.38-46.560.15844700.159397X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1638-0.30750.36662.4383-0.05962.8229-0.07730.1268-0.14810.0602-0.03720.84380.2064-0.57620.08960.2465-0.09770.04540.36440.02590.623911.467147.145937.877
21.47732.25570.27493.50480.70840.3823-0.02760.0115-0.021-0.00960.07740.22490.0139-0.0747-0.05890.20490.01590.020.23550.05370.252331.062564.862538.1349
31.1207-0.1068-0.07072.0916-0.060.50250.02260.12460.0511-0.24450.0496-0.1858-0.02240.0229-0.06110.1999-0.01130.06580.2298-0.0030.182851.53593.486234.4143
41.09830.215-0.44591.757-0.66772.9906-0.00350.20120.1957-0.4190.20790.346-0.1923-0.9726-0.16920.48610.0171-0.1390.59990.07190.354326.314349.98554.8081
53.9062-1.12812.50361.5182-0.65721.90830.15550.5576-0.029-0.3764-0.0152-0.19560.1180.2803-0.13530.3789-0.03580.02920.3391-0.02140.196948.227544.126414.9789
61.4639-0.1340.00251.5081-0.43381.08890.0484-0.1381-0.3748-0.02420.04770.06690.1640.0366-0.09440.21480.0039-0.0710.3246-0.02450.52161.764929.159440.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 190 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 404 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 405 THROUGH 822 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 49 THROUGH 277 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 278 THROUGH 404 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 405 THROUGH 822 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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