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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xdh | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a dimeric interlocked parallel G-quadruplex | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / G-quadruplex / interlocked | 機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Lattmann, S. / Winnerdy, F.R. / Phan, A.T. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Crystal structures of an HIV-1 integrase aptamer: Formation of a water-mediated A.G.G.G.G pentad in an interlocked G-quadruplex. 著者: Ngo, K.H. / Liew, C.W. / Lattmann, S. / Winnerdy, F.R. / Phan, A.T. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5140.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.08 M Sodium chloride, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 40% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953659 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.826→29.26 Å / Num. obs: 13916 / % possible obs: 95.01 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.826→1.857 Å / Num. unique obs: 1413 / CC1/2: 0.962 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1Y8D 解像度: 1.83→29.26 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 37.2734 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→29.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.84774730784 Å / Origin y: -2.51563985782 Å / Origin z: -24.786644211 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |