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- PDB-7xd9: Crystal Structure of Dengue Virus serotype 2 (DENV2) Polymerase E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xd9
タイトルCrystal Structure of Dengue Virus serotype 2 (DENV2) Polymerase Elongation Complex (CTP Form)
要素
  • NS5
  • RNA (30-mer)
  • RNA (9-mer)
キーワードTRANSFERASE/RNA / RNA-dependent RNA polymerase / de novo synthesis / elongation complex / priming element / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Wu, J. / Wang, X. / Gong, P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070185 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000136 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural basis of transition from initiation to elongation in de novo viral RNA-dependent RNA polymerases.
著者: Wu, J. / Wang, X. / Liu, Q. / Lu, G. / Gong, P.
履歴
登録2022年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NS5
B: RNA (30-mer)
C: RNA (9-mer)
D: NS5
E: RNA (30-mer)
F: RNA (9-mer)
G: NS5
H: RNA (30-mer)
I: RNA (9-mer)
J: NS5
K: RNA (30-mer)
L: RNA (9-mer)
M: NS5
N: RNA (30-mer)
O: RNA (9-mer)
P: NS5
Q: RNA (30-mer)
R: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)530,75860
ポリマ－525,67718
非ポリマー5,08142
水8,899494
1
A: NS5
B: RNA (30-mer)
C: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,46010
ポリマ－87,6133
非ポリマー8477
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
2
D: NS5
E: RNA (30-mer)
F: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,82814
ポリマ－87,6133
非ポリマー1,21511
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
3
G: NS5
H: RNA (30-mer)
I: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3689
ポリマ－87,6133
非ポリマー7556
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
4
J: NS5
K: RNA (30-mer)
L: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,46010
ポリマ－87,6133
非ポリマー8477
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
5
M: NS5
N: RNA (30-mer)
O: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3689
ポリマ－87,6133
非ポリマー7556
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
6
P: NS5
Q: RNA (30-mer)
R: RNA (9-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2758
ポリマ－87,6133
非ポリマー6635
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.430, 154.580, 172.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ADGJMP

#1: タンパク質
NS5


分子量: 75110.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q91H74

-
RNA鎖 , 2種, 12分子 BEHKNQCFILOR

#2: RNA鎖
RNA (30-mer)


分子量: 9621.792 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖
RNA (9-mer)


分子量: 2880.774 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 536分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.07 % / Mosaicity: 0.377 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Sodium formate, Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 230467 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 58.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.951 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 750342
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.58-2.673.20.495229080.8060.3260.5940.91499.8
2.67-2.783.40.367229990.880.2350.4370.908100
2.78-2.913.40.238230400.950.1540.2840.913100
2.91-3.063.30.154229900.9750.10.1840.92100
3.06-3.253.10.09229420.9890.060.1090.96399.5
3.25-3.53.30.059230650.9950.0380.070.93499.9
3.5-3.853.20.039230600.9970.0260.0470.93599.8
3.85-4.413.30.031231050.9980.020.0370.94199.9
4.41-5.563.20.027231120.9980.0180.0330.94299.7
5.56-503.10.023232460.9990.0150.0271.15699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K6M

4k6m


解像度: 2.58→48.84 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 11436 5.02 %
Rwork0.1911 216252 -
obs0.1926 227688 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.65 Å2 / Biso mean: 64.4885 Å2 / Biso min: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29182 2889 270 494 32835
Biso mean--67.25 57.38 -
残基数----3867
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.58-2.610.38914140.318471427556100
2.61-2.640.30933450.295472457590100
2.64-2.670.35273370.274672327569100
2.67-2.710.30233820.264271587540100
2.71-2.740.32353990.259272347633100
2.74-2.780.28833840.254772137597100
2.78-2.820.28843850.246671737558100
2.82-2.860.28733940.245172167610100
2.86-2.910.28383870.243672027589100
2.91-2.950.27573930.251872387631100
2.95-30.30254050.262271347539100
3-3.060.27963910.248372047595100
3.06-3.120.28623610.241672227583100
3.12-3.180.26383870.22027148753599
3.18-3.250.2493830.21577235761899
3.25-3.330.24493430.211172357578100
3.33-3.410.2453680.209672077575100
3.41-3.50.24443260.211573037629100
3.5-3.60.24393840.20272097593100
3.6-3.720.2143850.190771637548100
3.72-3.850.20074180.173372567674100
3.85-4.010.20334340.166871327566100
4.01-4.190.19483720.168272597631100
4.19-4.410.17123800.15672257605100
4.41-4.690.18064000.153772317631100
4.69-5.050.18964030.15997199760299
5.05-5.560.18023960.164972497645100
5.56-6.360.21244070.179572457652100
6.36-8.010.20133500.171973417691100
8.01-48.840.17293230.1597002732594

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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