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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xcn | ||||||
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Title | Crystal structure of the MttB-MttC complex at 2.7 A resolution | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE / pyrrolysine / trimethylamine / methyltransferase / corrinoid protein | ||||||
Function / homology | ![]() trimethylamine-corrinoid protein Co-methyltransferase / trimethylamine methyltransferase activity / methanogenesis / cobalamin binding / cobalt ion binding / methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Chan, M.K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Insights into pyrrolysine function from structures of a trimethylamine methyltransferase and its corrinoid protein complex. Authors: Li, J. / Kang, P.T. / Jiang, R. / Lee, J.Y. / Soares, J.A. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 809.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 673 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 164.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 218.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xclC ![]() 7xcmC ![]() 3ezxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 54854.504 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: A0A0E3QRM4, trimethylamine-corrinoid protein Co-methyltransferase #2: Protein | Mass: 23909.213 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-HCB / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.5 ul MttB (3 mg/ml in 16mM potassium phosphate buffer pH7.4, 400mM NaCl, 160mM Imidazole, 20% glycerol, 1.6mM DTT) 0.5 ul MttC (10 mg/ml in 40 mM Tris buffer pH7, 200mM NaCl, 20% glycerol) ...Details: 0.5 ul MttB (3 mg/ml in 16mM potassium phosphate buffer pH7.4, 400mM NaCl, 160mM Imidazole, 20% glycerol, 1.6mM DTT) 0.5 ul MttC (10 mg/ml in 40 mM Tris buffer pH7, 200mM NaCl, 20% glycerol) 1 ul reservoir solution (18% PEG 8000, 0.1M citric acid pH 5, 1M LiC) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99984 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→20 Å / Num. obs: 132103 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 458004 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3EZX Resolution: 2.7→20 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Solvent computation | Bsol: 29.0846 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.31 Å2 / Biso mean: 46.9495 Å2 / Biso min: 1 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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