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- PDB-7xbq: Crystal structure of potato 14-3-3 protein St14f -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xbq
タイトルCrystal structure of potato 14-3-3 protein St14f
要素Putative 14-3-3 protein
キーワードPLANT PROTEIN
機能・相同性14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / 14-3-3 protein
機能・相同性情報
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Harada, K. / Kojima, C. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H05836 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04856 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03191 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101072 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of potato 14-3-3 protein St14f revealed the importance of helix I in StFDL1 recognition.
著者: Harada, K.I. / Furuita, K. / Yamashita, E. / Taoka, K.I. / Tsuji, H. / Fujiwara, T. / Nakagawa, A. / Kojima, C.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 14-3-3 protein
B: Putative 14-3-3 protein
C: Putative 14-3-3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7343
ポリマ－87,7343
非ポリマー00
水00
1
A: Putative 14-3-3 protein

A: Putative 14-3-3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4892
ポリマ－58,4892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
2
B: Putative 14-3-3 protein

C: Putative 14-3-3 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4892
ポリマ－58,4892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.198, 105.281, 60.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative 14-3-3 protein


分子量: 29244.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: 30G, 14-3-3, St14f / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93785

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Ammonium tartrate, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.6 Å / Num. obs: 51160 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.442 / Num. unique obs: 2531

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3axy

3axy


解像度: 2.45→47.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 20.497 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.777 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2768 2573 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.2123 48586 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 255.36 Å2 / Biso mean: 73.712 Å2 / Biso min: 32.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.05 Å20 Å2-1.02 Å2
2---7.15 Å2-0 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→47.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5347 0 0 0 5347
残基数----701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0135422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0155002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.647322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.57911494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8465698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11722.705281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.12315944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0921536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021207
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.164310424
LS精密化 シェル解像度: 2.454→2.518 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 168 -
Rwork0.319 3437 -
all-3605 -
obs--95.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0151-0.1451-0.23550.8303-0.19082.2552-0.1564-0.06790.22060.1023-0.03560.0907-0.4468-0.3910.1920.11690.0564-0.03410.3614-0.06580.2507-18.976-0.42541.4767
22.38570.89390.00671.57990.29821.6943-0.13-0.1315-0.0142-0.1064-0.0086-0.12780.24220.05580.13860.0733-0.03130.04280.3318-0.02290.2196-38.5784-25.864625.5933
32.4119-1.20350.98341.5177-0.81873.28750.23150.1188-0.6525-0.173-0.13160.2110.7675-0.0301-0.09980.25840.16750.00170.41790.01460.2497-50.7563-0.1452-21.9204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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