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- PDB-7xbg: The crystal structure of RshSTT182/200 RBD-insert2-T346R-Y496G mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xbg
タイトルThe crystal structure of RshSTT182/200 RBD-insert2-T346R-Y496G mutant in complex with human ACE2
要素
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2 mutant
キーワードVIRAL PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rhinolophus shameli (シャメルキクガシラコウモリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Hu, Y. / Liu, K.F. / Han, P. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2023
タイトル: Host range and structural analysis of bat-origin RshSTT182/200 coronavirus binding to human ACE2 and its animal orthologs.
著者: Hu, Y. / Liu, K. / Han, P. / Xu, Z. / Zheng, A. / Pan, X. / Jia, Y. / Su, C. / Tang, L. / Wu, L. / Bai, B. / Zhao, X. / Tian, D. / Chen, Z. / Qi, J. / Wang, Q. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2 mutant
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2 mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,07417
ポリマ－193,1044
非ポリマー2,97013
水00
1
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2 mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9459
ポリマ－96,5522
非ポリマー1,3937
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2 mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1308
ポリマ－96,5522
非ポリマー1,5786
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.127, 121.435, 110.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69281.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質 RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2 mutant


分子量: 27270.062 Da / 分子数: 2 / Mutation: T346R, Y496G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhinolophus shameli (シャメルキクガシラコウモリ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M imidazole malate pH7.0, 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→50 Å / Num. obs: 30335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 113.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.37→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 1.444 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3024

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG

6lzg


解像度: 3.37→46.4 Å / SU ML: 0.4957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.2429
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1995 6.61 %
Rwork0.2692 28168 -
obs0.2695 30163 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 156.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.37→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12840 0 184 0 13024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002913382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.606218187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04411943
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.52174886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.37-3.450.47081240.45131848X-RAY DIFFRACTION92.54
3.45-3.540.39011420.42072039X-RAY DIFFRACTION99.82
3.54-3.650.45421440.39472009X-RAY DIFFRACTION99.72
3.65-3.760.35981410.3662012X-RAY DIFFRACTION99.54
3.76-3.90.34431400.32392015X-RAY DIFFRACTION99.77
3.9-4.050.30151480.32422044X-RAY DIFFRACTION99.5
4.05-4.240.30071420.30912014X-RAY DIFFRACTION99.81
4.24-4.460.26631400.27891995X-RAY DIFFRACTION99.44
4.46-4.740.251440.2622039X-RAY DIFFRACTION99.68
4.74-5.110.26941490.26762008X-RAY DIFFRACTION99.54
5.11-5.620.26181450.26852039X-RAY DIFFRACTION99.77
5.62-6.430.27391440.2782044X-RAY DIFFRACTION99.95
6.43-8.090.2481450.23092059X-RAY DIFFRACTION99.95
8.1-46.40.20481470.18692003X-RAY DIFFRACTION96.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.644847215320.421329823528-0.8964717114584.38477630595-0.07519239883094.11803300641-0.2999418618970.28904279972-0.08934735385830.5009678522560.847925389364-0.647268653415-0.3979571179010.352766585888-0.6306060169181.626399086330.1193234825220.1697034143781.7208433343-0.2968723084071.4622129276-1.3086694678132.357927330213.7557434757
22.47465646139-1.468612498010.8146785845712.44773814241.95945062545.468345047940.960633515458-0.4979155365840.7249877986030.5317662010480.57970016966-0.276299658915-1.328915955491.07572017575-1.46035947321.562388032820.1601890979340.1867290831491.06915979836-0.1703460953791.4313384795612.991006358526.03348308914.74500970107
34.413513602460.143040111582-1.09067151592.60252849572.128282081934.899841727310.0351350883524-1.03127091132-0.01756455261950.1811550316730.689920030219-0.568506805467-0.4196346984851.3734154197-0.6232495292871.479903016650.1370640906480.2653895164821.37452549616-0.2312589286291.413594499417.693960797812.8171510804-4.3101697752
42.81124297292-1.64400552052-0.1417178835214.284982555332.355053614831.67051298549-0.04702424042850.275201762386-0.370610936045-1.462750913330.02494126156010.147995476035-0.7032335254590.116401651350.007442783242071.11864870739-0.08376821763710.06058475495780.971649812125-0.04219315489580.7930069665111.8567356829222.906196719-24.5938352672
53.23008501248-0.574657537691-0.4013378347062.901055870630.529689384843.02644255512-0.218959299835-0.20033959755-0.1477828019770.4889190098960.501979027841-0.119976663495-0.05661832084430.81422609209-0.2599824952271.215489310480.04628151187290.1852021647661.19619634024-0.08723710097781.028358244215.7341173502319.7292582413-9.29307876062
64.55154981897-0.886742986503-0.3565503130982.709753784060.2421624827481.83197191249-0.233897801016-0.321630940698-0.3692540114940.6425946525350.3033379567680.6430666125970.503083230720.3489604747650.00483584688251.396283682240.1241245421270.3421074081.04585113946-0.08019869127691.35700195132-0.50500345261211.5332233097-6.08060646526
78.13849075465-0.3110332904080.7700720501264.399564030971.866326966233.14777637984-0.03358374542140.952891559009-2.039339232030.7370361747090.566263679067-0.129158574550.587742220630.446552292304-0.4051619013791.265660955950.2181417464490.2868003572471.06264932699-0.1081208490591.1776753354316.52824097911.82620772736-19.6925230606
82.68781695484-1.314428735511.092335565913.5007378086-1.892803187044.427923397390.09818317253390.53338173101-0.1876045788780.382888280654-0.1853448939721.36420450305-0.482290346355-0.1516741372680.1305383489242.18896984850.180383507840.6236454501361.50373330736-0.05237109545092.09734268262-31.798827280950.12926866369.47203314322
90.6057075256330.1013562961390.6819826692260.06070573261630.2130562056050.950106873791-0.060266162068-0.1877405993680.7648295573381.021659240350.5777249509611.19967794894-0.322556742255-0.564057810869-0.5296362066422.464413322550.2090911355930.5620814718731.89467584011-0.04271426790532.15282249422-37.859203046745.67550685472.95179083042
102.00206190584-8.97421736083-7.503033338922.018140274565.979419405465.149732925770.2411623961060.3941417552520.7053580903580.479781626488-0.3784857092621.07370906375-1.09063383483-0.6639742424130.1281776702883.271330894280.483798372253-0.01521864611583.27081900909-0.035891671212.99237891867-47.896621744641.50388899651.82532362433
112.677242742911.514931575191.108552150582.46088949605-2.009047238254.446856498160.08680900606170.243992409799-0.05923359801760.114229857168-0.01085849092170.3330660548520.0213875343455-0.9673637355750.09878082308941.806405018880.1069639974160.6883426369491.74223873503-0.2225172771122.08735221473-30.662973259335.457597844510.3038467017
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 81 )AA19 - 811 - 63
22chain 'A' and (resid 82 through 157 )AA82 - 15764 - 139
33chain 'A' and (resid 158 through 275 )AA158 - 275140 - 257
44chain 'A' and (resid 276 through 317 )AA276 - 317258 - 299
55chain 'A' and (resid 318 through 493 )AA318 - 493300 - 475
66chain 'A' and (resid 494 through 581 )AA494 - 581476 - 563
77chain 'A' and (resid 582 through 614 )AA582 - 614564 - 596
88chain 'B' and (resid 333 through 353 )BH333 - 3531 - 21
99chain 'B' and (resid 354 through 380 )BH354 - 38022 - 48
1010chain 'B' and (resid 381 through 393 )BH381 - 39349 - 61
1111chain 'B' and (resid 394 through 437 )BH394 - 43762 - 105
1212chain 'B' and (resid 438 through 450 )BH438 - 450106 - 118
1313chain 'B' and (resid 451 through 469 )BH451 - 469119 - 137
1414chain 'B' and (resid 470 through 515 )BH470 - 515138 - 183
1515chain 'B' and (resid 516 through 528 )BH516 - 528184 - 196
1616chain 'C' and (resid 19 through 109 )CJ19 - 1091 - 91
1717chain 'C' and (resid 110 through 157 )CJ110 - 15792 - 139
1818chain 'C' and (resid 158 through 249 )CJ158 - 249140 - 231
1919chain 'C' and (resid 250 through 431 )CJ250 - 431232 - 413
2020chain 'C' and (resid 432 through 581 )CJ432 - 581414 - 563
2121chain 'C' and (resid 582 through 614 )CJ582 - 614564 - 596
2222chain 'D' and (resid 333 through 380 )DQ333 - 3801 - 48
2323chain 'D' and (resid 381 through 493 )DQ381 - 49349 - 161
2424chain 'D' and (resid 494 through 528 )DQ494 - 528162 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る