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- PDB-7xbf: The complex structure of RshSTT182/200 RBD-insert2 bound to human ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xbf
タイトルThe complex structure of RshSTT182/200 RBD-insert2 bound to human ACE2
要素
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2
キーワードVIRAL PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / regulation of transmembrane transporter activity / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rhinolophus shameli (シャメルキクガシラコウモリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Hu, Y. / Liu, K.F. / Han, P. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2023
タイトル: Host range and structural analysis of bat-origin RshSTT182/200 coronavirus binding to human ACE2 and its animal orthologs.
著者: Hu, Y. / Liu, K. / Han, P. / Xu, Z. / Zheng, A. / Pan, X. / Jia, Y. / Su, C. / Tang, L. / Wu, L. / Bai, B. / Zhao, X. / Tian, D. / Chen, Z. / Qi, J. / Wang, Q. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,76817
ポリマ－193,2044
非ポリマー2,56413
水00
1
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9959
ポリマ－96,6022
非ポリマー1,3937
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7738
ポリマ－96,6022
非ポリマー1,1716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.391, 123.891, 112.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.261, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69281.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質 RshSTT182/200 coronavirus receptor binding domain insert2


分子量: 27320.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhinolophus shameli (シャメルキクガシラコウモリ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES pH6.0, 0.2M magnesium chloride, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→50 Å / Num. obs: 28025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 110.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.51→3.65 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2812 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG

6lzg


解像度: 3.51→40.63 Å / SU ML: 0.4319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2039
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1438 5.14 %
Rwork0.1993 26534 -
obs0.201 27972 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 129.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→40.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13058 0 156 0 13214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002413580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.497918465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03991975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.65994922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.51-3.630.33451310.30622529X-RAY DIFFRACTION94.59
3.63-3.780.29981490.27222642X-RAY DIFFRACTION99.86
3.78-3.950.27991410.23952633X-RAY DIFFRACTION99.93
3.95-4.160.25411540.22532657X-RAY DIFFRACTION99.93
4.16-4.420.23581260.19622684X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.760.21091350.17232684X-RAY DIFFRACTION99.96
4.76-5.230.21251500.17312663X-RAY DIFFRACTION100
5.23-5.990.23631290.18732682X-RAY DIFFRACTION100
5.99-7.540.2221700.20372668X-RAY DIFFRACTION100
7.54-40.630.20511530.17542692X-RAY DIFFRACTION98.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45101775969-0.321452977472-0.8524122315921.151730950080.8791066644281.22638564655-0.279563183275-0.300003973214-0.1916478545720.3433169660050.3246149931610.09579003006460.2688470754280.325818942101-3.22155225887E-70.6964988281570.107804702998-0.03429118581370.7432019948760.003591805189390.5842513504697.7499716074118.6625097752-4.80998777138
20.471847196604-0.159635922234-0.2051380076150.402332870803-0.04177936826160.655398500622-0.206352093797-0.2355657738590.08376640139810.4141453629630.0202791215660.515770090089-0.0820249928115-0.1166461841517.06882813473E-91.313460756510.009695519082660.2969911851821.21357230627-0.1606905303391.53395230844-31.761567793542.08457560810.823431656
32.846219998141.84945771423-2.105618251241.45007993035-1.516778005322.35154186017-0.128409396730.127999125178-0.182715066604-0.112314888474-0.0684827653685-0.2704439724040.30648985791-0.00440003013178-0.002776231700630.6518931079760.0548446619895-0.06038302593440.5573518424310.1067864609470.7130186955829.547033583749.001289707847.6123470899
40.2778038413880.208085538844-0.4203472863311.1157134551-0.498244558080.524935753671-0.04702765298290.2241562260130.331051316397-0.08277374317920.1987105431440.179014312905-0.0754469392954-0.4924723395218.25386606552E-90.817460715858-0.0166042491989-0.09626583716481.009576016330.07331233006050.900876685651-11.092728785840.123582581274.9090641305
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11chain AAA - G19 - 2001
22chain BBH - I314 - 688
33chain CCJ - O19 - 2001
44chain DDP - Q314 - 523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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