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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xbb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of PDE4D catalytic domain complexed with compound 23a | |||||||||
要素 | Isoform 3 of cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PDE4 inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / beta-2 adrenergic receptor binding / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / cAMP-mediated signaling / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.10000900931 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, Y.-Y. / Luo, H.-B. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochem Pharmacol / 年: 2022 タイトル: Structure-based optimization of Toddacoumalone as highly potent and selective PDE4 inhibitors with anti-inflammatory effects. 著者: Zhou, F. / Huang, Y. / Liu, L. / Song, Z. / Hou, K.Q. / Yang, Y. / Luo, H.B. / Huang, Y.Y. / Xiong, X.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xbb.cif.gz | 194.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xbb.ent.gz | 121.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/7xbb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5wqaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57859.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.4), 0.1 M MgCl2, 15% PEG 3350, 10% isopropanol, 25% ethylene glycol |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→24.34 Å / Num. obs: 45273 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4489 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WQA 解像度: 2.10000900931→24.3365211701 Å / SU ML: 0.212169150848 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36559810472 / 位相誤差: 22.7806360388 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3573805474 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.10000900931→24.3365211701 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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