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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xao | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thioredoxin 1 | ||||||
![]() | Thioredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Trx1 / thioredoxin1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, Y.J. / Park, H.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution crystal structure of Acinetobacter baumannii thioredoxin 1. 著者: Chang, Y.J. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2yn1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11607.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trxA, trx / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 0.1M SPG buffer/NaOH pH 5.7, 23% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→28.68 Å / Num. obs: 38852 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 15.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09338 / Net I/σ(I): 17.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.4213 / Num. unique obs: 3820 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2yn1 解像度: 1.45→28.68 Å / SU ML: 0.2026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.3678 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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