PDB-7xa4: Thermotoga maritima ferritin variant-Tm-E (S111H) with Zn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xa4

タイトル

Thermotoga maritima ferritin variant-Tm-E (S111H) with Zn

要素

Ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / protein assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Liu, Y. / Zhao, G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Nano / 年: 2022
タイトル: Directed Self-Assembly of Dimeric Building Blocks into Networklike Protein Origami to Construct Hydrogels.
著者: Liu, Y. / Chen, X. / Yin, S. / Chang, X. / Lv, C. / Zang, J. / Leng, X. / Zhang, T. / Zhao, G.

履歴

登録	2022年3月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xa4.cif.gz	76 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xa4.ent.gz	54.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xa4_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xa4_full_validation.pdf.gz	412.9 KB	表示
XML形式データ	7xa4_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	7xa4_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x9xC 7xa2C 1vlgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin

ヘテロ分子

17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.840, 55.840, 129.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 17485.652 Da / 分子数: 1 / 変異: S111H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM Mes pH 6.0, 200mM Lithium sulfate, 2mM Zinc chloride, 35% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1.276911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.276911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→32.19 Å / Num. obs: 33026 / % possible obs: 98.18 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 10.06
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 3210 / CC_1/2: 0.874

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vlg

1vlg

解像度: 1.96→32.19 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	3158	9.95 %
R_work	0.2105	28569	-
obs	0.213	31727	97.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.69 Å² / B_iso mean: 37.1498 Å² / B_iso min: 18.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.96→32.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1199	0	2	23	1224
B_iso mean	-	-	40.75	36.63	-
残基数	-	-	-	-	143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.96-1.99	0.3624	150	0.3398	1276	1426	96
1.99-2.02	0.2793	129	0.2641	1188	1317	97
2.02-2.05	0.2961	146	0.2379	1242	1388	98
2.05-2.09	0.2464	134	0.2203	1238	1372	97
2.09-2.12	0.227	144	0.2329	1218	1362	97
2.12-2.16	0.2961	132	0.225	1268	1400	98
2.16-2.21	0.3135	143	0.2615	1266	1409	98
2.21-2.26	0.4836	121	0.4648	1099	1220	87
2.26-2.31	0.4814	133	0.3797	1192	1325	92
2.31-2.37	0.2698	131	0.2393	1210	1341	98
2.37-2.43	0.2475	145	0.2096	1275	1420	98
2.43-2.5	0.2433	130	0.2226	1231	1361	99
2.5-2.58	0.2613	137	0.2079	1273	1410	98
2.58-2.68	0.2458	138	0.2168	1275	1413	99
2.68-2.78	0.2649	137	0.2091	1275	1412	99
2.78-2.91	0.2217	128	0.2185	1243	1371	99
2.91-3.06	0.26	141	0.2256	1266	1407	99
3.06-3.25	0.2458	143	0.2188	1242	1385	99
3.26-3.5	0.2155	142	0.2075	1283	1425	99
3.5-3.86	0.2204	137	0.1918	1227	1364	97
3.86-4.41	0.1857	137	0.1608	1249	1386	98
4.42-5.55	0.1637	141	0.1597	1273	1414	99
5.56-32.19	0.1918	139	0.1714	1260	1399	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.7269 Å / Origin y: -4.1798 Å / Origin z: 12.1142 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1835 Å²	0.0259 Å²	-0.0161 Å²	-	0.2573 Å²	-0.0137 Å²	-	-	0.2297 Å²
L	0.8108 °²	-0.3585 °²	0.3003 °²	-	2.8091 °²	-0.4838 °²	-	-	1.7236 °²
S	-0.0692 Å °	-0.1592 Å °	0.0504 Å °	0.0378 Å °	-0.0381 Å °	0.023 Å °	-0.0828 Å °	-0.0908 Å °	0.0991 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 2
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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