PDB-7xa2: Thermotoga maritima ferritin variant-Tm-E(S111H)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xa2

タイトル

Thermotoga maritima ferritin variant-Tm-E(S111H)

要素

Ferritin

フェリチン

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

protein assembly (タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial non-heme ferritin /

ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion /

ferric iron binding /

ferrous iron binding / iron ion transport /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Liu, Y. / Zhao, G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Nano / 年: 2022
タイトル: Directed Self-Assembly of Dimeric Building Blocks into Networklike Protein Origami to Construct Hydrogels.
著者: Liu, Y. / Chen, X. / Yin, S. / Chang, X. / Lv, C. / Zang, J. / Leng, X. / Zhang, T. / Zhao, G.

履歴

登録	2022年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xa2.cif.gz	75.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xa2.ent.gz	54.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xa2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xa2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x9xC 7xa4C 1vlgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin

ヘテロ分子

A: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.490, 55.490, 129.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

#1: タンパク質	Ferritin / フェリチン分子量: 17485.652 Da / 分子数: 1 / 変異: S111H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Mes pH 6.0, 200mM Lithium sulfate, 35% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1.2769 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2769 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→44 Å / Num. obs: 39447 / % possible obs: 98.19 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 15.94
反射シェル	解像度: 1.84→1.906 Å / Num. unique obs: 3623 / CC_1/2: 0.423

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vlg

1vlg

解像度: 1.84→43.02 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	3788	10.08 %
R_work	0.2072	33780	-
obs	0.2089	37568	97.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.08 Å² / B_iso mean: 43.3944 Å² / B_iso min: 24.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.84→43.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1199	0	1	16	1216
B_iso mean	-	-	102.08	39.21	-
残基数	-	-	-	-	143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.84-1.86	0.4658	112	0.4695	941	1053	73
1.86-1.89	0.4463	127	0.4136	1087	1214	85
1.89-1.91	0.4165	132	0.3847	1264	1396	95
1.91-1.94	0.3833	140	0.3646	1177	1317	97
1.94-1.97	0.4089	138	0.3338	1266	1404	97
1.97-2	0.359	141	0.299	1273	1414	97
2-2.03	0.281	138	0.2788	1251	1389	98
2.03-2.07	0.2966	139	0.2529	1271	1410	98
2.07-2.11	0.2783	137	0.2541	1263	1400	98
2.11-2.15	0.2837	136	0.2487	1279	1415	99
2.15-2.19	0.2618	152	0.22	1254	1406	99
2.19-2.24	0.2251	144	0.2219	1285	1429	99
2.24-2.29	0.236	146	0.2056	1271	1417	99
2.29-2.35	0.2692	131	0.209	1249	1380	99
2.35-2.41	0.2316	150	0.2042	1316	1466	99
2.41-2.48	0.2302	132	0.2049	1235	1367	99
2.48-2.56	0.2466	145	0.2084	1288	1433	99
2.56-2.65	0.2657	142	0.206	1276	1418	99
2.65-2.76	0.2679	146	0.2047	1297	1443	100
2.76-2.89	0.2645	131	0.2075	1283	1414	100
2.89-3.04	0.2206	148	0.2038	1258	1406	100
3.04-3.23	0.269	146	0.2137	1295	1441	100
3.23-3.48	0.188	150	0.2084	1289	1439	100
3.48-3.83	0.1838	148	0.1908	1270	1418	100
3.83-4.38	0.1643	142	0.1762	1286	1428	100
4.38-5.52	0.1781	152	0.1793	1290	1442	100
5.52-43.02	0.2081	143	0.1842	1266	1409	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.2487 Å / Origin y: -4.1238 Å / Origin z: 12.0276 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3113 Å²	0.0892 Å²	-0.0187 Å²	-	0.3057 Å²	-0.0111 Å²	-	-	0.3106 Å²
L	0.1875 °²	-0.0247 °²	0.3751 °²	-	0.3061 °²	0.0119 °²	-	-	0.7496 °²
S	-0.1122 Å °	-0.1424 Å °	0.0275 Å °	0.0301 Å °	-0.0887 Å °	-0.0114 Å °	-0.1269 Å °	-0.0786 Å °	-0.0069 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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