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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xa1 | ||||||
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タイトル | Thermotoga maritima ferritin variant-Tm-E(S111Y) | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / protein assembly | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial non-heme ferritin / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, L. / Guanghua, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Thermotoga maritima ferritin variant-Tm-E(S111Y) 著者: Yu, L. / Guanghua, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vlgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17510.680 Da / 分子数: 1 / 変異: S111Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25mM HEPES pH 7.5, 35% 1,4-dioxane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.276911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→27.64 Å / Num. obs: 12639 / % possible obs: 91.55 % / 冗長度: 1.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.44 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 649 / CC1/2: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1vlg 解像度: 2.2→27.64 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.59 Å2 / Biso mean: 32.8462 Å2 / Biso min: 17.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→27.64 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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