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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x9x | ||||||
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タイトル | Thermotoga Maritima ferritin variant-Tm-E(G40E) with Zn | ||||||
要素 | Ferritinフェリチン | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / protein assembly (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial non-heme ferritin / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Nano / 年: 2022 タイトル: Directed Self-Assembly of Dimeric Building Blocks into Networklike Protein Origami to Construct Hydrogels. 著者: Liu, Y. / Chen, X. / Yin, S. / Chang, X. / Lv, C. / Zang, J. / Leng, X. / Zhang, T. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x9x.cif.gz | 123.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x9x.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/7x9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/7x9x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xa2C 7xa4C 1vlgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17506.645 Da / 分子数: 2 / 変異: G40E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM_1128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0L2, bacterial non-heme ferritin #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25mM HEPES pH 8.0, 35% MPD, 2mM Zinc chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1.276911 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.276911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→28.56 Å / Num. obs: 31502 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 3042 / CC1/2: 0.699 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VLG 解像度: 2.3→28.56 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.16 Å2 / Biso mean: 40.5182 Å2 / Biso min: 17.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→28.56 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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