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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x9k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MutT-8-oxo-dGTP complex: Reaction for 2 hr using 10 mM Mn2+ | ||||||
![]() | 7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nudix hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, T. / Yamagata, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Visualization of mutagenic nucleotide processing by Escherichia coli MutT, a Nudix hydrolase. 著者: Nakamura, T. / Yamagata, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ww5C ![]() 7ww6C ![]() 7ww7C ![]() 7ww8C ![]() 7ww9C ![]() 7wwaC ![]() 7x9hC ![]() 7x9iC ![]() 7x9jC ![]() 7x9lC ![]() 7x9nC ![]() 7x9oC ![]() 3a6tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14945.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A037YRW7, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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#2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 6種, 132分子 ![](data/chem/img/8DG.gif)
![](data/chem/img/8OG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/8OG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-8DG / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-8OG / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: potassium sodium tartrate, sodium citrate, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→31.53 Å / Num. obs: 11882 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.321 / Num. unique obs: 1043 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3A6T 解像度: 1.81→31.53 Å / SU ML: 0.1463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 18.0113 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→31.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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