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- PDB-7x9g: Crystal structure of human EDA and EDAR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x9g
タイトルCrystal structure of human EDA and EDAR
要素
  • Ectodysplasin-A, secreted form
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member EDAR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ligand-receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trachea gland development / animal organ development / salivary gland cavitation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFs bind their physiological receptors / death receptor agonist activity / collagen trimer / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / pigmentation ...trachea gland development / animal organ development / salivary gland cavitation / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFs bind their physiological receptors / death receptor agonist activity / collagen trimer / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / pigmentation / odontogenesis of dentin-containing tooth / hair follicle placode formation / epidermis development / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / lipid droplet / cell-matrix adhesion / cytokine activity / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / apical part of cell / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / gene expression / cell differentiation / cytoskeleton / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / receptor ligand activity / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor receptor EDAR, N-terminal / : / : / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ectodysplasin-A / Tumor necrosis factor receptor superfamily member EDAR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yu, K. / Wan, F. / Huang, C. / Wu, J. / Lei, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2023
タイトル: Structural insights into pathogenic mechanism of hypohidrotic ectodermal dysplasia caused by ectodysplasin A variants.
著者: Yu, K. / Huang, C. / Wan, F. / Jiang, C. / Chen, J. / Li, X. / Wang, F. / Wu, J. / Lei, M. / Wu, Y.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectodysplasin-A, secreted form
B: Ectodysplasin-A, secreted form
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member EDAR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5873
ポリマ-48,5873
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.169, 87.169, 156.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Ectodysplasin-A, secreted form


分子量: 17470.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDA, ED1, EDA2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92838
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member EDAR / Anhidrotic ectodysplasin receptor 1 / Downless homolog / EDA-A1 receptor / Ectodermal dysplasia ...Anhidrotic ectodysplasin receptor 1 / Downless homolog / EDA-A1 receptor / Ectodermal dysplasia receptor / Ectodysplasin-A receptor


分子量: 13645.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDAR, DL / 細胞株 (発現宿主): High Five
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UNE0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % / Mosaicity: 0.457 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Bicine, pH9.0, 25% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 10861 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 41.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 37897
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.93.40.69611230.6330.4370.8240.95499.8
2.9-3.023.60.45510650.8320.2790.5350.96799.8
3.02-3.153.50.27710670.9170.1710.3270.97599.6
3.15-3.323.50.16510890.9630.1040.1950.95199.7
3.32-3.533.30.10310810.9790.0670.1240.98299.8
3.53-3.83.60.06410930.9910.0390.0760.91499.8
3.8-4.183.60.04710910.9950.0290.0550.88899.7
4.18-4.793.40.03710750.9950.0240.0450.80199.9
4.79-6.033.60.03610900.9960.0220.0420.71699.9
6.03-503.40.03410870.9970.0210.0410.76399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RJ7
解像度: 2.8→34.71 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 407 4.11 %
Rwork0.248 9485 -
obs0.2493 9892 90.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.52 Å2 / Biso mean: 53.1004 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2853 0 0 0 2853
残基数----367
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-3.210.40581020.29672567266973
3.21-4.040.31750.25534263601100
4.04-34.710.22661300.228234923622100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1016-0.0544-0.04020.07040.04730.0345-0.0526-0.0818-0.05930.21560.07890.0007-0.1007-0.0234-0.02590.2208-0.0257-0.0580.19080.1720.1046-39.806513.6707-22.1209
20.0509-0.04640.04080.043-0.03590.031-0.0120.0136-0.0258-0.05210.0250.05540.09650.04640.06710.68660.0321-0.00550.5954-0.35550.5939-43.38983.7561-42.0308
30.2561-0.07680.04230.17130.21930.3947-0.041-0.2633-0.38790.1475-0.2103-0.16520.25760.1006-0.30260.3134-0.09130.08810.21350.26560.2386-44.02686.3398-25.2308
40.06710.0279-0.01790.0266-0.02260.01920.0207-0.0408-0.03170.0771-0.02260.08920.0106-0.05770.09690.4052-0.0380.2860.41130.20310.4635-50.16595.7446-22.1916
50.0944-0.015-0.00980.0361-0.02420.02720.0030.0981-0.1408-0.071-0.02730.02760.04590.0199-0.06670.3220.03580.07570.2730.0149-0.2302-45.138215.7858-34.9519
60.0452-0.10970.03770.3141-0.0620.04230.09050.1681-0.1309-0.2592-0.0610.1498-0.0324-0.0637-0.08290.3420.0121-0.07770.3735-0.02820.1103-53.53516.0542-37.94
70.0081-0.0130.01010.0257-0.01840.0121-0.03050.0154-0.0163-0.0395-0.02120.0131-0.0223-0.0402-0.06330.8462-0.12680.21610.7698-0.22510.2118-41.478916.8658-51.687
80.01190.0110.00090.0323-0.00580.04090.0002-0.0033-0.0212-0.04030.0518-0.008-0.0222-0.00420.11760.341-0.02830.31320.1361-0.07010.0492-48.240620.277-29.8326
90.0251-0.0054-0.02180.0096-0.00210.0454-0.04240.0463-0.2068-0.12510.0135-0.0162-0.01050.0570.13390.2164-0.1090.34010.1616-0.19950.0682-47.340810.1753-33.9961
100.0241-0.06820.02320.3835-0.09130.0464-0.0029-0.2144-0.01590.26870.070.1818-0.1057-0.1738-0.11890.1116-0.12450.1560.12460.3047-0.1494-48.507118.1208-18.2593
110.0282-0.01020.03160.3379-0.00590.0661-0.0241-0.64690.4270.31080.13280.3603-0.09280.04250.35280.43260.06910.44170.7971-0.19930.8438-18.0083.9024-10.9405
120.36750.233-0.07640.9193-0.20660.5680.0276-0.00060.3573-0.16960.05960.4535-0.09130.05090.2935-0.0161-0.0198-0.00520.11270.01030.3407-8.29736.3835-23.2305
130.1463-0.0278-0.01070.43140.23590.12850.1143-0.32690.36910.1561-0.00580.0887-0.02210.10250.0070.10960.02780.17070.3101-0.27810.4823-8.85879.0972-11.6894
140.15330.0423-0.02890.2269-0.04290.0195-0.058-0.07810.16330.1982-0.08730.4224-0.20450.0277-0.01740.25-0.0164-0.00880.30810.01480.6266-10.81962.816-15.0357
150.1907-0.19480.09260.5721-0.13620.0484-0.0111-0.1124-0.3160.39470.0529-0.18560.00710.02840.12790.3847-0.0736-0.15950.2650.25430.6803-31.7247-2.7506-19.7953
160.09540.0429-0.08850.2642-0.26030.26890.11540.114-0.00030.09270.12920.10290.10380.17640.20450.9231-0.1417-0.41920.9374-0.35261.1562-22.222-12.374-35.5825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 247 through 255 )A247 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 256 through 265 )A256 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 266 through 287 )A266 - 287
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 288 through 298 )A288 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 299 through 313 )A299 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 314 through 335 )A314 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 336 through 343 )A336 - 343
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 344 through 354 )A344 - 354
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 355 through 378 )A355 - 378
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 379 through 390 )A379 - 390
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 247 through 298 )B247 - 298
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 299 through 343 )B299 - 343
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 344 through 364 )B344 - 364
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 365 through 389 )B365 - 389
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 44 through 101 )C44 - 101
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 102 through 137 )C102 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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