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- PDB-7x8q: Frizzled-10 CRD in complex with F10_A9 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x8q
タイトルFrizzled-10 CRD in complex with F10_A9 Fab
要素
  • Antibody F10_A9 Fab, Heavy chain
  • Antibody F10_A9 Fab, Light chain
  • Frizzled-10
キーワードSIGNALING PROTEIN / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to retinoic acid / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation ...Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to retinoic acid / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / cell surface / extracellular space / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ge, Q. / Wang, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770895 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: An epitope-directed selection strategy facilitating the identification of Frizzled receptor selective antibodies.
著者: Ge, Q. / Teng, M. / Li, X. / Guo, Q. / Tao, Y.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-10
B: Antibody F10_A9 Fab, Light chain
C: Antibody F10_A9 Fab, Heavy chain
D: Frizzled-10
E: Antibody F10_A9 Fab, Light chain
F: Antibody F10_A9 Fab, Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,5946
ポリマ－125,5946
非ポリマー00
水3,189177
1
A: Frizzled-10
B: Antibody F10_A9 Fab, Light chain
C: Antibody F10_A9 Fab, Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7973
ポリマ－62,7973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
D: Frizzled-10
E: Antibody F10_A9 Fab, Light chain
F: Antibody F10_A9 Fab, Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7973
ポリマ－62,7973
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.452, 156.452, 94.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-311-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-10 / Fz-10 / hFz10 / FzE7


分子量: 14903.371 Da / 分子数: 2 / 変異: N48Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD10 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULW2
#2: 抗体 Antibody F10_A9 Fab, Light chain


分子量: 23231.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody F10_A9 Fab, Heavy chain


分子量: 24661.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→36.88 Å / Num. obs: 34538 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 41.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / Num. unique obs: 1698 / CC1/2: 0.899 / CC star: 0.973 / Rpim(I) all: 0.217 / Rrim(I) all: 0.905 / Χ2: 0.926 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CM4

5cm4


解像度: 2.65→36.88 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1653 4.83 %
Rwork0.2051 32573 -
obs0.2071 34226 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.48 Å2 / Biso mean: 50.221 Å2 / Biso min: 19.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→36.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8270 0 0 177 8447
Biso mean---37.83 -
残基数----1080
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.730.29271240.252618274298
2.73-2.820.25151150.24942700281599
2.82-2.920.31121350.25762660279599
2.92-3.030.34191490.26292665281499
3.03-3.170.33891440.250726732817100
3.17-3.340.27861490.225226922841100
3.34-3.550.26691370.224827092846100
3.55-3.820.24631450.208627042849100
3.82-4.210.23461330.187827292862100
4.21-4.810.17921430.158927612904100
4.81-6.060.21761490.178827802929100
6.06-36.880.2191300.1842882301298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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