PDB-7x8t: Frizzled 10 CRD in complex with hB9L9.3 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x8t

タイトル

Frizzled 10 CRD in complex with hB9L9.3 Fab

要素

Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain
Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain
Frizzled-10

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to retinoic acid / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Ge, Q. / Wang, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: An epitope-directed selection strategy facilitating the identification of Frizzled receptor selective antibodies.
著者: Ge, Q. / Teng, M. / Li, X. / Guo, Q. / Tao, Y.

履歴

登録	2022年3月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x8t.cif.gz	445.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x8t.ent.gz	356.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/7x8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/7x8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x8pC 7x8qC 5cm4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Frizzled-10

B: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

C: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

D: Frizzled-10

E: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

F: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

G: Frizzled-10

H: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

I: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

J: Frizzled-10

K: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

L: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

249 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Frizzled-10

B: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

C: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.3 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Frizzled-10

E: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

F: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Frizzled-10

H: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

I: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Frizzled-10

K: Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain

L: Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.456, 100.794, 99.149
Angle α, β, γ (deg.)	110.074, 89.935, 113.793
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Frizzled-10 / Fz-10 / hFz10 / FzE7 分子量: 14903.371 Da / 分子数: 4 / 変異: N48Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD10 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULW2
#2: 抗体	Antibody hB9L9.3 Fab, Light chain 分子量: 22381.525 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Antibody hB9L9.3 Fab, Heavy chain 分子量: 25019.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Na citrate, pH 5.0, 15% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 83801 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 0.829 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 290369

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	3.3	0.345	4163	0.895	0.227	0.415	0.885	98
2.54-2.59	3.4	0.319	4189	0.919	0.202	0.379	0.89	98.1
2.59-2.64	3.6	0.292	4119	0.942	0.179	0.343	0.908	98.2
2.64-2.69	3.6	0.253	4183	0.957	0.155	0.297	0.896	98.2
2.69-2.75	3.6	0.238	4159	0.962	0.146	0.28	0.865	98.2
2.75-2.82	3.5	0.218	4201	0.959	0.135	0.257	0.878	98.2
2.82-2.89	3.5	0.19	4170	0.964	0.118	0.224	0.857	98.4
2.89-2.96	3.5	0.176	4167	0.968	0.109	0.207	0.884	98.6
2.96-3.05	3.5	0.158	4169	0.972	0.098	0.187	0.864	98.7
3.05-3.15	3.3	0.137	4202	0.975	0.089	0.164	0.85	98.7
3.15-3.26	3.3	0.118	4210	0.979	0.078	0.143	0.872	98.8
3.26-3.39	3.3	0.108	4193	0.982	0.07	0.129	0.88	98.8
3.39-3.55	3.7	0.102	4167	0.986	0.062	0.12	0.854	99
3.55-3.73	3.6	0.098	4209	0.983	0.06	0.115	0.904	99.1
3.73-3.97	3.6	0.084	4237	0.986	0.052	0.099	0.807	99.2
3.97-4.27	3.5	0.077	4193	0.986	0.048	0.091	0.784	99.2
4.27-4.7	3.2	0.07	4232	0.985	0.047	0.084	0.758	99.4
4.7-5.38	3.4	0.074	4205	0.986	0.047	0.088	0.76	99.5
5.38-6.78	3.6	0.076	4226	0.987	0.045	0.089	0.624	99.6
6.78-50	3.4	0.058	4207	0.991	0.037	0.068	0.551	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CM4

5cm4

解像度: 2.51→46.06 Å / SU ML: 0.2647 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.5754
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	4116	4.93 %	0
R_work	0.1758	79454	-	-
obs	0.1777	83570	98.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→46.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16492	0	0	1144	17636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	16912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2931	23028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0744	2516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4238	6092

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.53	0.281	123	0.23	2396	X-RAY DIFFRACTION	86.33
2.53-2.57	0.2783	138	0.2256	2743	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.57-2.6	0.2852	144	0.2222	2794	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.6-2.63	0.2818	157	0.2099	2632	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.63-2.67	0.2648	134	0.2117	2790	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.67-2.71	0.2637	159	0.2165	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.75	0.2445	142	0.2178	2774	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.75-2.79	0.2979	152	0.2198	2730	X-RAY DIFFRACTION	97.96
2.79-2.84	0.2613	122	0.2109	2768	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.84-2.88	0.2685	136	0.1987	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.88-2.94	0.2565	133	0.2033	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.94-2.99	0.2591	131	0.2027	2783	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.99-3.05	0.2636	138	0.2038	2770	X-RAY DIFFRACTION	98.71
3.05-3.12	0.2793	161	0.2097	2793	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.12-3.19	0.2954	142	0.2051	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.19-3.27	0.2336	154	0.1958	2765	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.27-3.36	0.2245	146	0.1787	2736	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.36-3.46	0.2326	163	0.1713	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.46-3.57	0.2229	130	0.1712	2793	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.57-3.7	0.2071	144	0.1707	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.11
3.7-3.85	0.1943	147	0.1726	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.85-4.02	0.1684	134	0.1535	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.19
4.02-4.23	0.1707	138	0.1497	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.28
4.23-4.5	0.1528	142	0.1342	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.12
4.5-4.85	0.1725	171	0.1352	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.85-5.33	0.1671	135	0.1487	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.19
5.33-6.1	0.1908	127	0.1575	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.56
6.11-7.68	0.2179	152	0.177	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.53
7.69-46.06	0.1631	121	0.1652	2636	X-RAY DIFFRACTION	93.84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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