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- PDB-7x8p: Frizzled 2 CRD in complex with pF7_A5 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x8p
タイトルFrizzled 2 CRD in complex with pF7_A5 Fab
要素
  • (Antibody pF7_A5 Fab, ...) x 2
  • Frizzled-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


muscular septum morphogenesis / cochlea morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / hard palate development / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / inner ear receptor cell development / Wnt-protein binding / endothelial cell differentiation ...muscular septum morphogenesis / cochlea morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / hard palate development / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / inner ear receptor cell development / Wnt-protein binding / endothelial cell differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / outflow tract morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TCF dependent signaling in response to WNT / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / sensory perception of smell / cell-cell signaling / Ca2+ pathway / focal adhesion / positive regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled 2, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled 2, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Frizzled-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Ge, Q. / Wang, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770895 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: An epitope-directed selection strategy facilitating the identification of Frizzled receptor selective antibodies.
著者: Ge, Q. / Teng, M. / Li, X. / Guo, Q. / Tao, Y.
履歴
登録2022年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-2
B: Antibody pF7_A5 Fab, Light chain
C: Antibody pF7_A5 Fab, Heavy chain
D: Frizzled-2
E: Antibody pF7_A5 Fab, Light chain
F: Antibody pF7_A5 Fab, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,9479
ポリマ－123,2506
非ポリマー6973
水5,675315
1
A: Frizzled-2
B: Antibody pF7_A5 Fab, Light chain
C: Antibody pF7_A5 Fab, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8464
ポリマ－61,6253
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
2
D: Frizzled-2
E: Antibody pF7_A5 Fab, Light chain
F: Antibody pF7_A5 Fab, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1015
ポリマ－61,6253
非ポリマー4762
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.376, 66.661, 90.912
Angle α, β, γ (deg.)95.138, 109.150, 115.328
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 BECF

#2: 抗体 Antibody pF7_A5 Fab, Light chain


分子量: 22477.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody pF7_A5 Fab, Heavy chain


分子量: 23997.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD

#1: タンパク質 Frizzled-2 / Fz-2 / hFz2 / FzE2


分子量: 15149.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14332
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 316分子

#5: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 8% TacsimateTM, pH 4.0 and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→27.76 Å / Num. obs: 59980 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.22 Å2 / CC1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Num. unique obs: 2991 / CC1/2: 0.819 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.331 / Rrim(I) all: 0.597 / Χ2: 1.215 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C0B

6c0b


解像度: 2.24→27.76 Å / SU ML: 0.2246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.5974
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 2810 4.79 %
Rwork0.2155 55849 -
obs0.2168 58659 95.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→27.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8326 0 46 315 8687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00738591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.968911701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06651304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.39843088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.280.3338860.30581792X-RAY DIFFRACTION61.01
2.28-2.320.33851250.27162433X-RAY DIFFRACTION83.21
2.32-2.370.32571310.27272707X-RAY DIFFRACTION91.76
2.37-2.410.26851180.27072780X-RAY DIFFRACTION96.06
2.41-2.470.30871590.26742905X-RAY DIFFRACTION97.02
2.47-2.520.26381350.27292841X-RAY DIFFRACTION97.54
2.52-2.590.29821640.27272836X-RAY DIFFRACTION97.98
2.59-2.660.25541550.26552878X-RAY DIFFRACTION98
2.66-2.740.2971280.25772884X-RAY DIFFRACTION97.79
2.74-2.820.33081370.25652839X-RAY DIFFRACTION98.22
2.82-2.920.27661510.25422899X-RAY DIFFRACTION98.51
2.92-3.040.30231380.2482881X-RAY DIFFRACTION98.56
3.04-3.180.27221150.2372942X-RAY DIFFRACTION98.58
3.18-3.350.2461460.22562874X-RAY DIFFRACTION98.85
3.35-3.560.23281050.21512926X-RAY DIFFRACTION98.76
3.56-3.830.20121350.19812888X-RAY DIFFRACTION99.15
3.83-4.210.19812040.18032854X-RAY DIFFRACTION99.12
4.22-4.820.21590.15822910X-RAY DIFFRACTION99.35
4.82-6.060.20171540.17492909X-RAY DIFFRACTION99.64
6.07-27.760.20761650.17112871X-RAY DIFFRACTION98.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5125274058-0.9792919996650.6489952045461.42952239743-0.3292589804772.00093274074-0.077013707392-0.119135903770.05743208327160.1885920289090.05405176356960.124826416844-0.162070309294-0.07561548808150.001353701019140.17057192973-0.006947885742090.04534826713830.1579693785480.02760162613880.208931896426-10.6404721664-39.135395622893.1244571472
20.8970457179340.3553528274981.101013396020.08641251682040.7533223876022.09853353906-0.2913480528510.189932755640.265551309973-0.212538939813-0.0458296413850.0719342610896-0.6861048226950.1915827805710.3024021701760.416332604144-0.0253785044848-0.08095625953230.2033451450120.02548149302220.32318021832311.9362062287-30.6530815873138.709450333
30.493164769910.09918716601380.2703567308270.3578950394970.2240491002022.973902184830.03777234858160.02558985062710.076851718042-0.0384889916156-0.04848164410660.022435671331-0.109556855954-0.3450972873140.02240797409080.1853648326070.04277741248090.02018084872630.188338828866-0.01584097524550.225685191333-1.57465731385-42.4644553921139.999030286
42.28739194811-0.4867142610330.6561769246411.18337621588-0.5829812396442.162753592010.003084345395380.242654927529-0.0736229349621-0.0209167694014-0.0602477173342-0.159741548982-0.005848786765730.2443042326870.05440106647380.199205308551-0.00399448995896-0.003321853083640.222011232404-0.03810857814570.250490202225-9.74366798782-39.641772240357.7697337615
5-0.156670302792-0.0338406417956-0.2692124994810.956781026526-1.321474816092.18801444122-0.0641674133285-0.1559544848660.04054459570040.31400715732-0.267510623953-0.236770844615-0.4856874211890.5200489121910.2700752724660.276499242931-0.104733319237-0.04338997931810.4094369256890.07034840322130.340663743699-11.9201375843-15.623227919812.4919503031
60.4985882946520.0293330450780.0463987633740.455687081537-0.4341647484723.046657647220.00375506027617-0.1090459174430.0224478591387-0.02707932628320.0159088413773-0.0462668533450.2855215335230.2628767032510.009177826749030.1715165957130.03081292427080.02844554012790.202186659758-0.01203928778780.219881435885-16.7353248343-32.959029069511.2035978204
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 37 through 301)AA - C37 - 3011
22(chain 'B' and resid 1 through 209)BD1 - 2091 - 209
33(chain 'C' and resid 1 through 227)CE1 - 2271 - 227
44(chain 'D' and resid 37 through 201)DF - G37 - 2011
55(chain 'E' and resid 1 through 209)EH1 - 2091 - 209
66(chain 'F' and resid 1 through 227)FI1 - 2271 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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