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- PDB-7x8f: Crystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x8f
タイトルCrystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27
要素
  • H3K27ac(24-27) peptide
  • Protein ENL
キーワードTRANSCRIPTION / YEATS domain / Complex / histone
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / lysine-acetylated histone binding / fibrillar center / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / AF-9, ANC1 homology domain / ANC1 homology domain (AHD) / YEATS / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Li, Y. / Peng, B. / Li, H.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725014 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31871283 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31922016 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Hotspot mutations in the structured ENL YEATS domain link aberrant transcriptional condensates and cancer.
著者: Song, L. / Yao, X. / Li, H. / Peng, B. / Boka, A.P. / Liu, Y. / Chen, G. / Liu, Z. / Mathias, K.M. / Xia, L. / Li, Q. / Mir, M. / Li, Y. / Li, H. / Wan, L.
履歴
登録2022年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ENL
B: H3K27ac(24-27) peptide
C: Protein ENL
D: H3K27ac(24-27) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8425
ポリマ－38,8074
非ポリマー351
水75742
1
A: Protein ENL
B: H3K27ac(24-27) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4032
ポリマ－19,4032
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein ENL
D: H3K27ac(24-27) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4393
ポリマ－19,4032
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.556, 48.592, 47.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein ENL / YEATS domain-containing protein 1


分子量: 18915.779 Da / 分子数: 2 / 変異: insertions / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT1, ENL, LTG19, YEATS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03111
#2: タンパク質・ペプチド H3K27ac(24-27) peptide


分子量: 487.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→40 Å / Num. obs: 13211 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.69 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.4950.9316620.5710.4611.0430.458100
2.49-2.545.40.8646500.6720.4080.9590.473100
2.54-2.595.90.8416520.6830.3810.9260.472100
2.59-2.646.40.7956760.8030.3410.8660.448100
2.64-2.76.50.7746400.830.3290.8420.487100
2.7-2.766.70.6576550.8910.2740.7130.493100
2.76-2.836.70.5476570.8690.2290.5940.496100
2.83-2.96.80.4956420.9210.2050.5360.518100
2.9-2.996.60.416590.9570.170.4450.565100
2.99-3.096.60.3496630.9440.1460.3790.63100
3.09-3.26.20.2946560.9530.1270.3210.627100
3.2-3.326.30.2326440.9740.1010.2530.661100
3.32-3.486.80.1836620.9810.0760.1980.75100
3.48-3.6670.146640.990.0570.1510.824100
3.66-3.896.80.1246490.9890.0510.1350.84100
3.89-4.196.80.1026600.9920.0420.1110.949100
4.19-4.616.40.0816700.9940.0350.0880.973100
4.61-5.276.40.0736790.9950.0310.0790.919100
5.27-6.646.80.0786700.9940.0320.0840.749100
6.64-406.10.0817010.9920.0350.0881.29699.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J9S

5j9s


解像度: 2.44→38.4 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 643 4.87 %
Rwork0.2019 12560 -
obs0.2044 13203 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.58 Å2 / Biso mean: 52.6988 Å2 / Biso min: 26.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 1 42 2585
Biso mean--51.09 47.78 -
残基数----305
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.44-2.620.34891220.27232484260698
2.62-2.890.33771260.251324802606100
2.89-3.310.2311340.224424842618100
3.31-4.170.25291390.188925142653100
4.17-38.40.21961220.177325982720100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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