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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x6g | ||||||
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タイトル | Outer membrane lipoprotein QseG of Escherichia coli O157:H7 | ||||||
要素 | Quorum-sensing regulator protein G | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Enterohemorrhagic Escherichia coli / Two-component systems / Outer membrane lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Quorum-sensing regulator protein G 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023 タイトル: Crystal structures of QseE and QseG: elements of a three-component system from Escherichia coli. 著者: Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x6g.cif.gz | 198.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x6g.ent.gz | 153.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x6g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7x6fC 7x6hC 8jwdC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20422.787 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: qseG, yfhG, Z3831, ECs3421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD45 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.32 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 14 % w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→43.86 Å / Num. obs: 45799 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4566 / CC1/2: 0.613 / Rpim(I) all: 0.549 / Rrim(I) all: 1.015 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold structure 解像度: 2.35→37.854 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.891 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.295 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.532 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.854 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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