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- PDB-7x6f: Outer membrane lipoprotein QseG of Escherichia coli O157:H7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x6f
タイトルOuter membrane lipoprotein QseG of Escherichia coli O157:H7
要素Quorum-sensing regulator protein G
キーワードSIGNALING PROTEIN / Enterohemorrhagic Escherichia coli / Two-component systems / Outer membrane lipoprotein
機能・相同性Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / CITRATE ANION / SERINE / Quorum-sensing regulator protein G
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of QseE and QseG: elements of a three-component system from Escherichia coli.
著者: Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T.
履歴
登録2022年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quorum-sensing regulator protein G
B: Quorum-sensing regulator protein G
C: Quorum-sensing regulator protein G
D: Quorum-sensing regulator protein G
E: Quorum-sensing regulator protein G
F: Quorum-sensing regulator protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,40516
ポリマ－122,5376
非ポリマー86810
水5,026279
1
A: Quorum-sensing regulator protein G
B: Quorum-sensing regulator protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1316
ポリマ－40,8462
非ポリマー2854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
2
C: Quorum-sensing regulator protein G
D: Quorum-sensing regulator protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4288
ポリマ－40,8462
非ポリマー5836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
3
E: Quorum-sensing regulator protein G
F: Quorum-sensing regulator protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8462
ポリマ－40,8462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.963, 149.785, 88.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.649, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Quorum-sensing regulator protein G


分子量: 20422.787 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: qseG, yfhG, Z3831, ECs3421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD45

-
非ポリマー , 6種, 289分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SER / SERINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 14% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.43 Å / Num. obs: 48807 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4582 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 0.983 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold structure

解像度: 2.3→39.803 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.262
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 2466 5.056 %
Rwork0.2206 46308 -
all0.223 --
obs-48774 98.839 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.095 Å20 Å2-0.031 Å2
2---0.006 Å2-0 Å2
3---0.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7281 0 57 279 7617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0127555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.64610227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3325895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12221.885504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.163151404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.351584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.23465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.25159
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2450.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0190.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2060.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2310.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6065.0413578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6257.5254471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5345.423977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.1067.9215756
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.30567.22811600
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.2631600.16934750.17336470.8680.91299.6710.168
2.36-2.4240.2431740.17533440.17935220.8960.91899.88640.171
2.424-2.4940.2391720.18432720.18734460.8990.91699.9420.178
2.494-2.570.2851630.18231680.18733400.8730.91299.73050.172
2.57-2.6540.2371380.18430980.18632360.9120.921000.175
2.654-2.7470.2291700.20329670.20431410.9090.91899.87270.194
2.747-2.850.2781670.20928590.21330360.8960.9199.67060.196
2.85-2.9660.2671360.22127280.22328770.8870.999.54810.209
2.966-3.0970.3041280.23226610.23528040.8660.88999.4650.218
3.097-3.2470.2931510.2324960.23426710.8650.999.10150.217
3.247-3.4220.31260.23423770.23725400.8820.90498.54330.226
3.422-3.6280.281120.23522860.23724380.8880.91298.35930.228
3.628-3.8760.2441120.22920730.2322590.910.91296.72420.225
3.876-4.1830.2821070.22219120.22520890.8850.92396.64910.225
4.183-4.5770.268900.20718090.20919610.9020.93196.83830.215
4.577-5.1090.2671060.22116010.22417490.9110.91697.59860.241
5.109-5.8830.341010.28814330.29115690.8630.88397.76930.306
5.883-7.1660.301730.27712460.27913480.8730.87997.84870.3
7.166-9.9740.266620.29280.20410330.9010.94195.83740.234
9.974-39.8030.187180.225750.2196180.960.94195.95470.258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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