+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x6f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Outer membrane lipoprotein QseG of Escherichia coli O157:H7 | ||||||
![]() | Quorum-sensing regulator protein G | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Enterohemorrhagic Escherichia coli / Two-component systems / Outer membrane lipoprotein | ||||||
機能・相同性 | Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / CITRATE ANION / SERINE / Quorum-sensing regulator protein G![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of QseE and QseG: elements of a three-component system from Escherichia coli. 著者: Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 160.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 537.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 554 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7x6gC ![]() 7x6hC ![]() 8jwdC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 20422.787 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 289分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SER / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.08 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 14% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→43.43 Å / Num. obs: 48807 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4582 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 0.983 / % possible all: 99.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AlphaFold structure 解像度: 2.3→39.803 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.262 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.887 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.803 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|