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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x56 | ||||||||||||
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タイトル | A CBg-ParM filament with ADP | ||||||||||||
要素 | ParM/StbA family protein | ||||||||||||
キーワード | CELL CYCLE / ParM actin-like plasmid segregation | ||||||||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Clostridium botulinum Bf (ボツリヌス菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Koh, A. / Ali, S. / Robinson, R. / Narita, A. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A new actin-like filament from Clostridium botulinum exhibits a new system of filament turn over 著者: Koh, A. / Ali, S. / Popp, D. / Tanaka, K. / Kitaoku, Y. / Miyazaki, N. / Iwasaki, K. / Mitsuoka, K. / Robert, R. / Narita, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x56.cif.gz | 255 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x56.ent.gz | 208.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x56.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x56_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x56_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x56_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x56_validation.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x56 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32545.352 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum Bf (ボツリヌス菌) 遺伝子: EXN02_10840 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A6B3ZKE5 #2: 化合物 | ChemComp-GDP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CBg-ParM filament with GDP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Bf | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 167.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 23.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40599 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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