[日本語] English
万見
- PDB-7x56: A Cbc-ParM filament with GDP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x56
タイトルA Cbc-ParM filament with GDP
要素Cbc-ParM
キーワードCELL CYCLE / ParM actin-like plasmid segregation
機能・相同性ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum Bf (ボツリヌス菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Koh, A. / Ali, S. / Robinson, R. / Narita, A.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02410 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Bacterial genome-encoded ParMs.
著者: Samson Ali / Adrian Koh / David Popp / Kotaro Tanaka / Yoshihito Kitaoku / Naoyuki Miyazaki / Kenji Iwasaki / Kaoru Mitsuoka / Robert C Robinson / Akihiro Narita /
要旨: ParMs generally exist on low-copy number plasmids where they contribute to plasmid segregation and stable inheritance. We carried out bioinformatics analysis, which indicated that ParM genes are not ...ParMs generally exist on low-copy number plasmids where they contribute to plasmid segregation and stable inheritance. We carried out bioinformatics analysis, which indicated that ParM genes are not only confined to plasmids but are also occasionally found on genomes. Here we report the discovery and characterization of two chromosome-encoded ParMs (cParMs) from the genomes of Desulfitobacterium hafniense (Dh-cParM1) and Clostridium botulinum (Cb-cParM). Both cParMs form filaments, exhibit nucleotide hydrolysis, and possess characteristic ParM subunit structures. Dh-cParM1 forms single and tightly coupled double filaments and is highly conserved on the chromosomes of five of six Desulfitobacterium species. Interestingly, these bacteria have not been reported to harbor plasmids. Cb-cParM possesses unique properties. Its filaments were stable after nucleotide hydrolysis and Pi release, and its ParR (Cb-cParR) did not affect the initial phase of Cb-cParM polymerization but displayed properties of a depolymerization factor for mature filaments. These results indicate functional, polymerizing ParMs can be encoded on genomes, suggesting that ParM roles may extend to other functions beyond plasmid segregation.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年3月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.32025年7月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / entity / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _em_admin.title / _entity.pdbx_description / _struct.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cbc-ParM
B: Cbc-ParM
C: Cbc-ParM
D: Cbc-ParM
E: Cbc-ParM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,06415
ポリマ－162,7275
非ポリマー2,33810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
Cbc-ParM


分子量: 32545.352 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum Bf (ボツリヌス菌)
遺伝子: EXN02_10840 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A6B3ZKE5
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: CBg-ParM filament with GDP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Bf
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMHEPES-HClHEPES-HCl1
33 mMadenosine triphosphateGTP1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
11RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 167.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 23.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40599 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00411755
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58215850
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3531595
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041795
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041980

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る