PDB-7x55: A CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x55

タイトル

A CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time

要素

ParM/StbA family protein

キーワード

CELL CYCLE / ParM actin-like plasmid segregation

機能・相同性

GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å

データ登録者

Koh, A. / Ali, S. / Robinson, R. / Narita, A.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A new actin-like filament from Clostridium botulinum exhibits a new system of filament turn over
著者: Koh, A. / Ali, S. / Popp, D. / Tanaka, K. / Kitaoku, Y. / Miyazaki, N. / Iwasaki, K. / Mitsuoka, K. / Robert, R. / Narita, A.

履歴

登録	2022年3月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月26日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x55.cif.gz	256.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x55.ent.gz	212 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x55_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x55_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7x55_validation.xml.gz	53.3 KB	表示
CIF形式データ	7x55_validation.cif.gz	68.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33008MC 33007C 33009C 33012C 7x54C 7x56C 7x59C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ParM/StbA family protein

B: ParM/StbA family protein

C: ParM/StbA family protein

D: ParM/StbA family protein

E: ParM/StbA family protein

ヘテロ分子

165 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質	ParM/StbA family protein 分子量: 32545.352 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: EXN02_10840 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A6B3ZKE5
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: CBg-ParM filament with GTP and a short incubation time
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Bf

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	potassium chloride	KCl	1
2	20 mM	HEPES-HCl	HEPES-HCl	1
3	3 mM	adenosine triphosphate	GTP	1

試料

濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
電子光学装置	位相板: VOLTA PHASE PLATE

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
11	RELION	3.1	最終オイラー角割当
13	RELION	3.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 164.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 21.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153326 / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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