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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x52 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase BTGAD-PLP complex | ||||||
要素 | Glutamate decarboxylaseグルタミン酸デカルボキシラーゼ | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / complex / plp | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミン酸デカルボキシラーゼ / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. / Du, G. / Wang, Y. / Wen, B. / Xin, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Food Chem / 年: 2023 タイトル: Coordinated regulation of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase activity by multiple elements under different pH. 著者: Liu, S. / Wen, B. / Du, G. / Wang, Y. / Ma, X. / Yu, H. / Zhang, J. / Fan, S. / Zhou, H. / Xin, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x52.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x52.ent.gz | 925.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x52 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57216.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_2570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8A4M9, グルタミン酸デカルボキシラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 19% PEG 3350, 1% pH4.0 TacsimateTM, 0.1M pH4.35 Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 238249 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 906940 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PMM 解像度: 1.9→36 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.54 Å2 / Biso mean: 34.2526 Å2 / Biso min: 14.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→36 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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