PDB-7x4l: Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x4l

タイトル

Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase mutant Y303F-PLP complex

要素

Glutamate decarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP / Complex / Neutral

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / L-glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Liu, S. / Guoming, D. / Yulu, W. / Boting, W. / Xin, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Food Chem / 年: 2023
タイトル: Coordinated regulation of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase activity by multiple elements under different pH.
著者: Liu, S. / Wen, B. / Du, G. / Wang, Y. / Ma, X. / Yu, H. / Zhang, J. / Fan, S. / Zhou, H. / Xin, F.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x4l.cif.gz	527.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x4l.ent.gz	433.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x4yC 7x51C 7x52C 1pmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase

B: Glutamate decarboxylase

C: Glutamate decarboxylase

D: Glutamate decarboxylase

E: Glutamate decarboxylase

F: Glutamate decarboxylase

ヘテロ分子

331 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.449, 176.383, 176.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase 分子量: 54897.844 Da / 分子数: 6 / 変異: Y303F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_2570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A4M9, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 24% PEG MME 2000, 0.1M pH7.0 Imidole, 0.2M Ammonium citrate, 1% Ethyl acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 150645 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 0.775 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	6	0.732	14902	0.787	0.938	0.322	0.801	0.446	99.8
2.69-2.8	6.2	0.525	14897	0.888	0.97	0.224	0.572	0.471	99.8
2.8-2.93	6.3	0.369	14909	0.936	0.983	0.157	0.402	0.535	99.8
2.93-3.08	6.1	0.266	14963	0.964	0.991	0.115	0.29	0.642	99.8
3.08-3.28	6.2	0.175	15009	0.982	0.995	0.076	0.191	0.776	99.8
3.28-3.53	6.5	0.12	15024	0.991	0.998	0.051	0.13	0.919	99.9
3.53-3.88	6.2	0.082	15051	0.995	0.999	0.036	0.09	0.915	99.9
3.88-4.45	6.5	0.06	15120	0.997	0.999	0.026	0.065	1.103	100
4.45-5.6	6.3	0.05	15207	0.998	0.999	0.021	0.055	0.936	99.9
5.6-50	5.6	0.041	15563	0.998	1	0.019	0.046	0.966	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PMM

1pmm

解像度: 2.59→29.4 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	7436	4.94 %
R_work	0.2034	-	-
obs	0.2039	150435	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21281	0	0	249	21530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	21866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.629	29801
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.939	7829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3781

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.62	0.3025	208	0.303	4083	X-RAY DIFFRACTION	87
2.62-2.65	0.2939	244	0.2883	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.68	0.274	225	0.2914	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.71	0.2854	243	0.2809	4752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.75	0.302	246	0.2712	4733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.2642	233	0.2684	4743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.83	0.2762	312	0.2652	4702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.2613	266	0.2724	4749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.2733	253	0.2748	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.96	0.2853	284	0.2736	4692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.01	0.2862	264	0.265	4772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.07	0.2903	250	0.2649	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.13	0.26	225	0.2567	4760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.19	0.264	280	0.2604	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.26	0.266	255	0.2532	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.33	0.2736	248	0.2495	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.42	0.2678	212	0.2372	4835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.51	0.2459	260	0.224	4779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.61	0.21	220	0.2208	4819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.73	0.227	269	0.2146	4750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.86	0.2014	241	0.1984	4789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.02	0.2058	204	0.1906	4850	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.2	0.1986	249	0.1715	4839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.42	0.1754	199	0.1739	4830	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-4.7	0.1737	271	0.1729	4810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-5.06	0.182	222	0.1685	4844	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-5.56	0.1881	261	0.1735	4859	X-RAY DIFFRACTION	100
5.56-6.36	0.1911	252	0.1752	4881	X-RAY DIFFRACTION	100
6.36-7.99	0.1782	269	0.1719	4907	X-RAY DIFFRACTION	100
7.99-29.4	0.1578	271	0.1532	4957	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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