PDB-7x51: Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x51

タイトル

Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase BTGAD-PLP-GUA complex

要素

Glutamate decarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / complex / glutarate / plp

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Liu, S. / Du, G. / Wang, L. / Wen, B. / Xin, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Food Chem / 年: 2023
タイトル: Coordinated regulation of Bacteroides thetaiotaomicron glutamate decarboxylase activity by multiple elements under different pH.
著者: Liu, S. / Wen, B. / Du, G. / Wang, Y. / Ma, X. / Yu, H. / Zhang, J. / Fan, S. / Zhou, H. / Xin, F.

履歴

登録	2022年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x51.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x51.ent.gz	956 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x51_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x51_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	7x51_validation.xml.gz	111.8 KB	表示
CIF形式データ	7x51_validation.cif.gz	160.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x4lC 7x4yC 7x52C 1pmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate decarboxylase

B: Glutamate decarboxylase

C: Glutamate decarboxylase

D: Glutamate decarboxylase

E: Glutamate decarboxylase

F: Glutamate decarboxylase

ヘテロ分子

332 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.820, 131.416, 109.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutamate decarboxylase 分子量: 54913.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_2570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A4M9, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸分子量: 132.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.52 / 詳細: 13% PEG 3350, 0.1M pH4.52 sodium malonate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 206750 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.576 / Net I/σ(I): 3.5 / Num. measured all: 1409197

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.07	6.3	0.555	20616	0.827	0.952	0.238	0.605	0.433	100
2.07-2.15	6.9	0.443	20603	0.894	0.971	0.18	0.478	0.439	100
2.15-2.25	7	0.353	20591	0.926	0.981	0.142	0.381	0.467	100
2.25-2.37	6.9	0.276	20608	0.951	0.987	0.113	0.299	0.486	100
2.37-2.52	6.5	0.217	20653	0.965	0.991	0.092	0.236	0.518	99.9
2.52-2.71	7	0.179	20658	0.977	0.994	0.073	0.194	0.552	100
2.71-2.99	7	0.136	20630	0.986	0.996	0.055	0.147	0.607	100
2.99-3.42	6.7	0.098	20695	0.992	0.998	0.041	0.106	0.718	100
3.42-4.31	7.1	0.07	20740	0.996	0.999	0.028	0.076	0.819	100
4.31-50	6.7	0.055	20956	0.997	0.999	0.023	0.06	0.703	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PMM

1pmm

解像度: 2→36.04 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	10066	4.87 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.203	206662	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22156	0	35	1804	23995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	22774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	30976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.325	8299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	3321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3962

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.302	328	0.2415	6348	X-RAY DIFFRACTION	97
2.02-2.05	0.3025	332	0.2467	6519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.2647	360	0.2242	6545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.27	320	0.2238	6505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.12	0.2741	361	0.2249	6500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2715	373	0.2264	6560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2493	316	0.2189	6535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2474	380	0.2099	6462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.2549	360	0.2098	6560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2533	297	0.1993	6626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2374	330	0.2001	6515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.2671	337	0.2046	6521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2512	305	0.2088	6584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.2576	344	0.2097	6532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.2672	321	0.2122	6571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.2362	324	0.2029	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.2359	324	0.1948	6563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.256	365	0.199	6556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2521	307	0.1991	6572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.2461	373	0.2102	6536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.99	0.2554	319	0.2054	6550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.1	0.2486	312	0.2114	6579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.25	0.2251	357	0.2004	6570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.2381	291	0.1988	6605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.63	0.2247	334	0.1914	6564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.2127	351	0.1842	6589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.3	0.2072	338	0.18	6567	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.93	0.2036	310	0.1859	6625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.2	0.2185	323	0.2004	6658	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-36.04	0.2563	374	0.2052	6640	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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