PDB-7x3n: Crystal structure of anti-mPEG h15-2b Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x3n

タイトル

Crystal structure of anti-mPEG h15-2b Fab

要素

15-2b-H
15-2b-L

キーワード

IMMUNE SYSTEM / methoxy polyethylene glycol / mPEG / anti-mPEG antibody

機能・相同性

2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Chang, C.Y. / Nguyen, T.M.T. / Toh, S.I. / Su, Y.C.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Structural determination of an antibody that specifically recognizes polyethylene glycol with a terminal methoxy group
著者: Nguyen, M.T.T. / Shih, Y.C. / Lin, M.H. / Roffler, S.R. / Hsiao, C.Y. / Cheng, T.L. / Lin, W.W. / Lin, E.C. / Jong, Y.J. / Chang, C.Y. / Su, Y.C.

履歴

登録	2022年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x3n.cif.gz	180.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x3n.ent.gz	140.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x3n_validation.pdf.gz	917.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x3n_full_validation.pdf.gz	927.5 KB	表示
XML形式データ	7x3n_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	7x3n_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/7x3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1l7iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 15-2b-L

B: 15-2b-H

C: 15-2b-L

D: 15-2b-H

ヘテロ分子

96.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 15-2b-L

B: 15-2b-H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 15-2b-L

D: 15-2b-H

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.930, 112.572, 158.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	15-2b-L 分子量: 23539.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	15-2b-H 分子量: 24598.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 296.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% (w/v) PEG 6000, 1% (w/v) PEG 2000 MME, 0.15 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M citric acid, pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 55882 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.926 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.24→2.34 Å / Num. unique obs: 6846 / CC_1/2: 0.816 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L7I

1l7i

解像度: 2.24→27.61 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	-	-
R_work	0.2052	-	-
obs	-	52298	93.51 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.75 Å² / B_iso mean: 25.7941 Å² / B_iso min: 4.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→27.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6420	0	40	346	6806

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.34 Å /

	反射数	%反射
obs	6846	99.2 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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