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- PDB-7x3n: Crystal structure of anti-mPEG h15-2b Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x3n
タイトルCrystal structure of anti-mPEG h15-2b Fab
要素
  • 15-2b-H
  • 15-2b-L
キーワードIMMUNE SYSTEM / methoxy polyethylene glycol / mPEG / anti-mPEG antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Chang, C.Y. / Nguyen, T.M.T. / Toh, S.I. / Su, Y.C.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)107-2113-M-009-021-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2636-B-009-003 台湾
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Structural determination of an antibody that specifically recognizes polyethylene glycol with a terminal methoxy group
著者: Nguyen, M.T.T. / Shih, Y.C. / Lin, M.H. / Roffler, S.R. / Hsiao, C.Y. / Cheng, T.L. / Lin, W.W. / Lin, E.C. / Jong, Y.J. / Chang, C.Y. / Su, Y.C.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 15-2b-L
B: 15-2b-H
C: 15-2b-L
D: 15-2b-H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8686
ポリマ－96,2754
非ポリマー5932
水6,233346
1
A: 15-2b-L
B: 15-2b-H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4343
ポリマ－48,1382
非ポリマー2961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
2
C: 15-2b-L
D: 15-2b-H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4343
ポリマ－48,1382
非ポリマー2961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.930, 112.572, 158.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 15-2b-L


分子量: 23539.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 15-2b-H


分子量: 24598.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% (w/v) PEG 6000, 1% (w/v) PEG 2000 MME, 0.15 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M citric acid, pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→30 Å / Num. obs: 55882 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.926 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.24→2.34 Å / Num. unique obs: 6846 / CC1/2: 0.816 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L7I

1l7i


解像度: 2.24→27.61 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 --
Rwork0.2052 --
obs-52298 93.51 %
原子変位パラメータBiso max: 88.75 Å2 / Biso mean: 25.7941 Å2 / Biso min: 4.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→27.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6420 0 40 346 6806
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.34 Å /
反射数%反射
obs6846 99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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