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- PDB-7x32: Crystal structure of E. coli NfsB in complex with berberine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x32
タイトルCrystal structure of E. coli NfsB in complex with berberine
要素Dihydropteridine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitroreductase / berberine
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dihydropteridine reductase / 6,7-dihydropteridine reductase activity / 酸化還元酵素
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
BERBERINE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydropteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.829 Å
データ登録者Zhang, H. / Wen, H.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970152 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the transformation of the traditional medicine berberine by bacterial nitroreductase.
著者: Wen, H.Y. / Pan, L.B. / Ma, S.R. / Yang, X.Y. / Hu, J.C. / Zhao, H.F. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H. / Wang, Y. / Zhang, H.
履歴
登録2022年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydropteridine reductase
B: Dihydropteridine reductase
C: Dihydropteridine reductase
D: Dihydropteridine reductase
E: Dihydropteridine reductase
F: Dihydropteridine reductase
G: Dihydropteridine reductase
H: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,57530
ポリマ－191,4978
非ポリマー6,07822
水17,475970
1
A: Dihydropteridine reductase
C: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2947
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,4195
水362
タイプ名称対称操作数
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Buried area10080 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
2
B: Dihydropteridine reductase
H: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3728
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,4976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
3
D: Dihydropteridine reductase
F: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2947
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,4195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
4
E: Dihydropteridine reductase
G: Dihydropteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6168
ポリマ－47,8742
非ポリマー1,7426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.466, 77.941, 116.128
Angle α, β, γ (deg.)74.050, 79.440, 74.260
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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NCSドメイン領域:
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-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Dihydropteridine reductase / Dihydropteridine reductase / NAD(P)H-dependent / oxygen-insensitive / NAD(P)H nitroreductase / ...Dihydropteridine reductase / NAD(P)H-dependent / oxygen-insensitive / NAD(P)H nitroreductase / NAD(P)H-dependent oxidoreductase / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase


分子量: 23937.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: nfnB, nfsB, A8W81_002651, ACU57_25670, AUQ29_26440, BANRA_01861, BANRA_03752, BJI68_06040, BO068_003897, BON73_00805, BUE81_05150, BvCms2454_01694, C5F72_18880, C5N07_20565, CA593_00340, ...遺伝子: nfnB, nfsB, A8W81_002651, ACU57_25670, AUQ29_26440, BANRA_01861, BANRA_03752, BJI68_06040, BO068_003897, BON73_00805, BUE81_05150, BvCms2454_01694, C5F72_18880, C5N07_20565, CA593_00340, D0X26_22115, DM968_16990, E2119_24050, E4K51_19485, E4K54_19475, EC3234A_5c00510, EI041_22215, EL79_3302, EL80_3257, F2N31_21430, F9V24_20200, FV293_23750, GF646_21790, GKF86_15175, GKF89_11335, GRW05_08435, GRW81_04890, H4P50_18485, H4P51_18335, HNC52_17915, HX136_18760, NCTC8008_03225, NCTC9045_04181, NCTC9048_02746, SAMEA3753300_04152, WP2S18E08_33810
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A094VLP5, 6,7-dihydropteridine reductase, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 5種, 992分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BER / BERBERINE / ベルベリン


分子量: 336.361 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2% v/v Tacsimate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.829→55 Å / Num. obs: 151398 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.829→1.93 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 22921 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.499 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ICU

1icu


解像度: 1.829→54.928 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 7589 5.01 %
Rwork0.2046 143788 -
obs0.2064 151377 92.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.76 Å2 / Biso mean: 32.0668 Å2 / Biso min: 13.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.829→54.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13431 0 415 970 14816
Biso mean--33.09 35.8 -
残基数----1730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01514182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59319269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0922121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.148347
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
12B7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
13C7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
14D7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
15E7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
16F7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
17G7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
18H7583X-RAY DIFFRACTION9.636TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8293-1.85010.31382650.2572504996
1.8501-1.87190.29522680.2492486896
1.8719-1.89470.2982640.248499496
1.8947-1.91870.28862660.2466494196
1.9187-1.94390.29942540.2413500696
1.9439-1.97050.26892750.2305492096
1.9705-1.99870.2772710.2387494696
1.9987-2.02850.30692420.2338494796
2.0285-2.06020.29932290.2451401591
2.0602-2.0940.2433810.2331136693
2.094-2.13010.2772760.2284501796
2.1301-2.16890.28642690.2258495796
2.1689-2.21060.28442880.2203498796
2.2106-2.25570.24152460.2226501097
2.2557-2.30470.27692800.2166500597
2.3047-2.35840.2732680.2191498197
2.3584-2.41730.27472430.2219499796
2.4173-2.48270.27642460.226503897
2.4827-2.55580.27942510.217497197
2.5558-2.63820.24682500.2108504497
2.6382-2.73250.26282770.2125505397
2.7325-2.84190.26132510.2159501297
2.8419-2.97130.25212540.2132503197
2.9713-3.12790.2572400.2009499896
3.1279-3.32390.21452910.2031499597
3.3239-3.58040.23142640.1969500397
3.5804-3.94070.19022000.1912355669
3.9407-4.51070.19872530.1672502797
4.5107-5.6820.19712760.1763502697
5.682-54.90.21172510.1872502897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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