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万見
- PDB-7x2y: Crystal Structure of cis-4,5-dihydrodiol phthalate dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x2y
タイトルCrystal Structure of cis-4,5-dihydrodiol phthalate dehydrogenase in complex with NAD+ and 3-Hydroxybenzoate
要素4,5-dihydroxyphthalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / bacterial protein / NAD cofactor
機能・相同性3-HYDROXYBENZOIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Sharma, M. / Mahto, J.K. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST/TMD/EWO/WTI/2K19/EWFH/2019/8 (G) インド
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: Conformational flexibility enables catalysis of phthalate cis-4,5-dihydrodiol dehydrogenase.
著者: Mahto, J.K. / Sharma, M. / Neetu, N. / Kayastha, A. / Aggarwal, S. / Kumar, P.
履歴
登録2022年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4,5-dihydroxyphthalate dehydrogenase
B: 4,5-dihydroxyphthalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,98419
ポリマ－86,0932
非ポリマー2,89017
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.579, 88.315, 162.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 391 / Label seq-ID: 4 - 391

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4,5-dihydroxyphthalate dehydrogenase


分子量: 43046.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni KF-1 (バクテリア)
遺伝子: O987_21845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 351分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-3HB / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium phosphate dibasic, and 20 % polyethylene glycol 3350, 100 mM Tris buffer pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→27.18 Å / Num. obs: 28203 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.48→2.54 Å / Num. unique obs: 3138 / CC1/2: 0.904 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MOI

3moi


解像度: 2.48→27.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.844 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.646 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 1412 5 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1943 26742 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.95 Å2 / Biso mean: 21.005 Å2 / Biso min: 0.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å2-0 Å2
2--3.72 Å2-0 Å2
3----2.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→27.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5336 0 190 334 5860
Biso mean--41.77 22.4 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.6327674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2895678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.85120.44318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.76315848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3751554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024364
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11307 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 115 -
Rwork0.231 1937 -
all-2052 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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