[日本語] English
万見
- PDB-7x1n: Crystal structure of MEF2D-MRE complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x1n
タイトルCrystal structure of MEF2D-MRE complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
  • Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Acute lymphoblastic leukemia / MEF2D-fusions / MEF2D-HNRNPUL1 / MEF2D-DNA interaction / leukemogenesis / prognostic markers / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase binding / heart development / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. ...SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.315 Å
データ登録者Zhang, H. / Zhang, M. / Wang, Q.Q. / Chen, Z. / Chen, S.J. / Meng, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81970132, 81770142, 81370620 中国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2022
タイトル: Functional, structural, and molecular characterizations of the leukemogenic driver MEF2D-HNRNPUL1 fusion.
著者: Zhang, M. / Zhang, H. / Li, Z. / Bai, L. / Wang, Q. / Li, J. / Jiang, M. / Xue, Q. / Cheng, N. / Zhang, W. / Mao, D. / Chen, Z. / Huang, J. / Meng, G. / Chen, Z. / Chen, S.J.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
K: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
B: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
C: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
A: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
D: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8938
ポリマ－63,8938
非ポリマー00
水1086
1
K: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
A: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
D: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9464
ポリマ－31,9464
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
B: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein
C: Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9464
ポリマ－31,9464
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.863, 75.651, 111.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 4286.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4573.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Myocyte enhancer factor 2D/deleted in azoospermia associated protein 1 fusion protein


分子量: 11543.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2D/DAZAP1 fusion / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5IRN4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.315→47.992 Å / Num. obs: 9418 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.32→3.434 Å / Rmerge(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 607 / CC1/2: 0.778

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BYY

6byy


解像度: 3.315→47.992 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 462 4.91 %
Rwork0.2423 8953 -
obs0.2439 9415 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.29 Å2 / Biso mean: 65.6755 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.315→47.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2983 1107 0 6 4096
Biso mean---18.23 -
残基数----412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3154-3.7950.31871070.292269487
3.795-4.78060.29671660.23653072100
4.7806-47.9920.23831890.21663187100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05560.01930.01930.0083-0.00460.07010.0375-0.0634-0.01390.0531-0.0656-0.0359-0.06470.0490.0170.59850.1072-0.33320.6201-0.14170.425523.235213.05926.8897
20.0711-0.00110.0410.0218-0.00150.02760.0413-0.1021-0.00940.0895-0.0791-0.00060.02390.0118-0.04870.57820.0719-0.34190.8641-0.16790.663522.50238.02067.5102
30.0108-0.01170.02390.0456-0.06380.1054-0.05620.00880.0694-0.00910.03590.0091-0.03170.03510.01691.03350.1518-0.16750.8180.35550.58626.575924.3837-62.128
40.05890.0129-0.01750.09770.02260.0173-0.07190.05230.0375-0.03450.06260.0954-0.0751-0.0261-0.11210.74880.00210.01390.51470.28480.40344.288122.0851-62.6539
50.0273-0.0069-0.05610.01960.05040.23090.0416-0.02510.0246-0.0494-0.00630.0157-0.10040.0390.27580.1473-0.0334-0.08170.20010.18590.19345.797316.6392-43.1751
60.02990.0143-0.00710.0327-0.02140.044-0.0844-0.0089-0.0242-0.0617-0.0696-0.03260.00660.1277-0.23210.1911-0.0942-0.00860.27050.16490.23376.671511.4642-47.0175
70.34430.01240.16330.00760.01540.0777-0.211-0.09950.33690.11840.0303-0.1217-0.1855-0.0527-0.15690.266-0.0549-0.24630.1654-0.02980.277810.083911.1371-7.9741
80.0914-0.0557-0.02040.0711-0.02330.3433-0.1235-0.13110.27160.11660.1147-0.1598-0.15290.15450.20830.07040.0456-0.38490.1547-0.05210.173415.122710.01-11.3056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'K' and resid 2 through 14)K2 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'L' and resid 2 through 14)L2 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'E' and resid 2 through 15)E2 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'F' and resid 2 through 15)F2 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 5 through 92)B5 - 92
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 2 through 93)C2 - 93
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'A' and resid 5 through 93)A5 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'D' and resid 4 through 92)D4 - 92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る