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- PDB-7x17: Structure of Pseudomonas NRPS protein, AmbB-TC bound to Ppant-L-Ala -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x17
タイトルStructure of Pseudomonas NRPS protein, AmbB-TC bound to Ppant-L-Ala
要素AMB antimetabolite synthase AmbB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Non-ribosomal peptide synthetase / AmbB / Pseudomonas (シュードモナス属)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-alanine-[L-alanyl-carrier protein] ligase / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / ligase activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-868 / AMB antimetabolite synthase AmbB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者ChuYuanKee, M. / Bharath, S.R. / Song, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the substrate-bound condensation domains of non-ribosomal peptide synthetase AmbB.
著者: Chu Yuan Kee, M.J. / Bharath, S.R. / Wee, S. / Bowler, M.W. / Gunaratne, J. / Pan, S. / Zhang, L. / Song, H.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMB antimetabolite synthase AmbB
B: AMB antimetabolite synthase AmbB
C: AMB antimetabolite synthase AmbB
D: AMB antimetabolite synthase AmbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,6008
ポリマ－223,8834
非ポリマー1,7184
水7,494416
1
A: AMB antimetabolite synthase AmbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4002
ポリマ－55,9711
非ポリマー4291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AMB antimetabolite synthase AmbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4002
ポリマ－55,9711
非ポリマー4291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AMB antimetabolite synthase AmbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4002
ポリマ－55,9711
非ポリマー4291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: AMB antimetabolite synthase AmbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4002
ポリマ－55,9711
非ポリマー4291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)198.498, 71.610, 173.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質
AMB antimetabolite synthase AmbB / L-alanine--[L-alanyl-carrier protein] ligase / Nonribosomal peptide synthase AmbB


分子量: 55970.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: ambB, PA2305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I1H0, L-alanine-[L-alanyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物
ChemComp-868 / S-[2-[3-[[(2S)-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2R)-2-azanylpropanethioate


分子量: 429.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28N3O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M MES pH 6.6, 0.2M ammonium nitrate, 15% PEG 3350, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.83 Å / Num. obs: 78940 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4499 / CC1/2: 0.559

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X0E

7x0e


解像度: 2.5→46.59 Å / SU ML: 0.3807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.8858
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 3952 5.01 %RANDOM
Rwork0.2464 74922 --
obs0.249 78874 98.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13273 0 104 416 13793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001913592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.460318456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03582158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00382409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0691959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.37661550.31262640X-RAY DIFFRACTION99.5
2.53-2.560.31541550.30242707X-RAY DIFFRACTION99.48
2.56-2.60.34771480.30212609X-RAY DIFFRACTION99.49
2.6-2.630.34991340.292700X-RAY DIFFRACTION99.47
2.63-2.670.34461220.29652643X-RAY DIFFRACTION99.5
2.67-2.710.33061510.2832711X-RAY DIFFRACTION99.69
2.71-2.750.32581360.2752680X-RAY DIFFRACTION99.65
2.75-2.80.31361350.28232649X-RAY DIFFRACTION99.78
2.8-2.840.37011570.28282716X-RAY DIFFRACTION99.65
2.84-2.90.37391320.27622654X-RAY DIFFRACTION99.75
2.9-2.950.32651470.27432661X-RAY DIFFRACTION99.75
2.95-3.010.30541420.25562730X-RAY DIFFRACTION99.72
3.01-3.080.33911380.25732660X-RAY DIFFRACTION99.89
3.08-3.150.31951420.26952685X-RAY DIFFRACTION99.82
3.15-3.230.32551420.25742701X-RAY DIFFRACTION99.72
3.23-3.320.2961350.262719X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.410.30021520.25092714X-RAY DIFFRACTION99.76
3.41-3.520.28961410.24172637X-RAY DIFFRACTION99.5
3.52-3.650.32531460.22782706X-RAY DIFFRACTION99.69
3.65-3.80.2981600.22162656X-RAY DIFFRACTION99.4
3.8-3.970.3111330.2322706X-RAY DIFFRACTION99.06
3.97-4.180.25841210.22052711X-RAY DIFFRACTION99.23
4.18-4.440.2771310.21082699X-RAY DIFFRACTION99.16
4.44-4.780.24481270.20262711X-RAY DIFFRACTION98.89
4.78-5.260.26931300.21042697X-RAY DIFFRACTION98.64
5.26-6.020.28431490.25262694X-RAY DIFFRACTION99.09
6.02-7.580.27451560.24772709X-RAY DIFFRACTION98.42
7.58-46.590.20721350.20522417X-RAY DIFFRACTION85.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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