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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0f | ||||||
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タイトル | Structure of Pseudomonas NRPS protein, AmbB-TC bound to Ppant | ||||||
要素 | AMB antimetabolite synthase AmbB | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Non-ribosomal peptide synthetase / AmbB / Pseudomonas | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-alanine-[L-alanyl-carrier protein] ligase / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | ChuYuanKee, M. / Bharath, S.R. / Song, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the substrate-bound condensation domains of non-ribosomal peptide synthetase AmbB. 著者: Chu Yuan Kee, M.J. / Bharath, S.R. / Wee, S. / Bowler, M.W. / Gunaratne, J. / Pan, S. / Zhang, L. / Song, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x0f.cif.gz | 362.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x0f.ent.gz | 292.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x0f_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x0f_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x0f_validation.xml.gz | 68.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x0f_validation.cif.gz | 96.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7x0eSC 7x17C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55970.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: ambB, PA2305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I1H0, L-alanine-[L-alanyl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | ChemComp-PNS / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1M MES pH 6.6, 0.2M ammonium nitrate, 15% PEG 3350, 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→49.56 Å / Num. obs: 114170 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5650 / CC1/2: 0.507 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7X0E 解像度: 2.2→49.56 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 163.46 Å2 / Biso mean: 40.8412 Å2 / Biso min: 13.57 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.56 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å
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