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- PDB-7x0d: Crystal structure of phospholipase A1, CaPLA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x0d
タイトルCrystal structure of phospholipase A1, CaPLA1
要素Phospholipase A1
キーワードHYDROLASE / Phospholipase A1
機能・相同性Phospholipase A1-II / phospholipase A1 activity / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / Phospholipase A1
機能・相同性情報
生物種Capsicum annuum (トウガラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3972515576 Å
データ登録者Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Lee, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of the Plant Phospholipase A1 Proteins Reveal a Unique Dimerization Domain.
著者: Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Yun, J.H. / Kim, E.Y. / Park, S.Y. / Park, J.H. / Kim, W.T. / Lee, W.
履歴
登録2022年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A1
B: Phospholipase A1
C: Phospholipase A1
D: Phospholipase A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,4548
ポリマ－181,0704
非ポリマー3844
水9,152508
1
A: Phospholipase A1
B: Phospholipase A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7274
ポリマ－90,5352
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area31110 Å2
手法PISA
2
C: Phospholipase A1
ヘテロ分子

D: Phospholipase A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7274
ポリマ－90,5352
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area2970 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.313, 59.568, 147.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.139, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Phospholipase A1


分子量: 45267.461 Da / 分子数: 4 / 変異: Y113W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capsicum annuum (トウガラシ) / 遺伝子: PLA1, T459_03599 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5YW95, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M ammonium sulfate, 10% PEG 8000, 10% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.0082 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0082 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 67379 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.5624458342 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 13.97
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique obs: 3305 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YIJ

2yij


解像度: 2.3972515576→49.1061888254 Å / SU ML: 0.336679155301 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33340615603 / 位相誤差: 26.7039351573
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.260150206969 3409 5.06154325845 %
Rwork0.206454591431 63942 -
obs0.209146720375 67351 95.8037581258 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.5776849861 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3972515576→49.1061888254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12411 0 20 508 12939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023726199146612769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54524202021417315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04212752482911848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003982322785022200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.66801402977483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3973-2.43150.3612597808681200.2909861992832429X-RAY DIFFRACTION88.7225896276
2.4315-2.46780.3449385442611280.2996114864262702X-RAY DIFFRACTION96.4224872232
2.4678-2.50630.3609730594291280.2702822725052624X-RAY DIFFRACTION95.6884561892
2.5063-2.54740.3492383533331420.2701996963742632X-RAY DIFFRACTION95.8203799655
2.5474-2.59140.3340823558371330.2601199216842691X-RAY DIFFRACTION95.7937584803
2.5914-2.63850.31701681041470.2504505725732615X-RAY DIFFRACTION95.3071083506
2.6385-2.68920.2985612440191520.246173125422636X-RAY DIFFRACTION95.023858214
2.6892-2.74410.3378184963691560.2368048265182574X-RAY DIFFRACTION95.2214858737
2.7441-2.80380.3304412958881350.2423705068792639X-RAY DIFFRACTION95.2282869894
2.8038-2.8690.2914582450521450.2315064360452613X-RAY DIFFRACTION94.7115384615
2.869-2.94070.3172632385611430.2349477447242635X-RAY DIFFRACTION94.8446568795
2.9407-3.02020.276932953331430.2298071315872601X-RAY DIFFRACTION94.7841105354
3.0202-3.10910.2685674153641330.229942661832657X-RAY DIFFRACTION95.4172366621
3.1091-3.20940.2501198103121520.2226440432362634X-RAY DIFFRACTION94.8586993531
3.2094-3.32410.2553640433051240.2197476824222660X-RAY DIFFRACTION95.0170648464
3.3241-3.45720.2364395329831500.2019021932572599X-RAY DIFFRACTION94.9896337249
3.4572-3.61450.2628238748641410.1990198019042650X-RAY DIFFRACTION95.5167693361
3.6145-3.8050.2670459729781570.187354950232630X-RAY DIFFRACTION94.9250681199
3.805-4.04320.2393979932221350.1796215831192675X-RAY DIFFRACTION95.9044368601
4.0432-4.35520.2177630578391430.1683342834712710X-RAY DIFFRACTION96.7774762551
4.3552-4.79320.2003594052741500.1579063941422755X-RAY DIFFRACTION98.6417657046
4.7932-5.4860.2119725553681400.1709547642532832X-RAY DIFFRACTION99.7650218194
5.486-6.90870.233887596691760.1861913193332806X-RAY DIFFRACTION99.8994974874
6.9087-49.10610.1891147250491360.1681195067722943X-RAY DIFFRACTION99.5795601552

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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