+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x0d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of phospholipase A1, CaPLA1 | ||||||
要素 | Phospholipase A1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Phospholipase A1 | ||||||
機能・相同性 | Phospholipase A1-II / phospholipase A1 activity / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / Phospholipase A1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Capsicum annuum (トウガラシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3972515576 Å | ||||||
データ登録者 | Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Lee, W. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2022 タイトル: Crystal Structures of the Plant Phospholipase A1 Proteins Reveal a Unique Dimerization Domain. 著者: Heo, Y. / Lee, I. / Moon, S. / Yun, J.H. / Kim, E.Y. / Park, S.Y. / Park, J.H. / Kim, W.T. / Lee, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x0d.cif.gz | 396.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7x0d.ent.gz | 259.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x0d_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7x0d_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x0d_validation.xml.gz | 56.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x0d_validation.cif.gz | 79.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/7x0d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7x0cC 2yijS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45267.461 Da / 分子数: 4 / 変異: Y113W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capsicum annuum (トウガラシ) / 遺伝子: PLA1, T459_03599 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5YW95, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M ammonium sulfate, 10% PEG 8000, 10% 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.0082 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0082 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 67379 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.5624458342 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 13.97 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique obs: 3305 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YIJ 解像度: 2.3972515576→49.1061888254 Å / SU ML: 0.336679155301 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33340615603 / 位相誤差: 26.7039351573 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5776849861 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3972515576→49.1061888254 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|