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- PDB-7wzv: The structure of a Twitch Radical SAM Dehydrogenase SpeY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wzv
タイトルThe structure of a Twitch Radical SAM Dehydrogenase SpeY
要素4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Twitch Radical SAM Dehydrogenase / Spectinomycin (スペクチノマイシン) / X-ray crystallography (X線回折)
機能・相同性
機能・相同性情報


heme biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Radical SAM superfamily / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7P8 / S-アデノシルメチオニン / 鉄・硫黄クラスター / 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces spectabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89931293521 Å
データ登録者Zhou, J.H. / Hou, X.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Dioxane Bridge Formation during the Biosynthesis of Spectinomycin Involves a Twitch Radical S -Adenosyl Methionine Dehydrogenase That May Have Evolved from an Epimerase.
著者: Zhang, J. / Hou, X. / Chen, Z. / Ko, Y. / Ruszczycky, M.W. / Chen, Y. / Zhou, J. / Liu, H.W.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein
B: 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,80335
ポリマ－72,0292
非ポリマー4,77433
水6,431357
1
A: 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,44017
ポリマ－36,0151
非ポリマー2,42516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area12910 Å2
手法PISA
2
B: 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,36318
ポリマ－36,0151
非ポリマー2,34917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.280, 93.579, 108.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 3 - 299 / Label seq-ID: 23 - 319

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain 'A' and resid 3 through 299)AA
2chain 'B'BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein / SpeY


分子量: 36014.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces spectabilis (バクテリア)
遺伝子: speY, FH965_34950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WEZ7

-
非ポリマー , 9種, 390分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-7P8 / (1~{S},2~{R},4~{S},5~{R})-2,4-bis(methylamino)-6-[(2~{S},3~{R},4~{S},6~{R})-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexane-1,3,5-triol


分子量: 336.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 1.7 M Ammonium sulfate and 0.05 M Magnesium acetate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→70.77 Å / Num. obs: 53042 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / Num. unique obs: 7642 / CC1/2: 0.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89931293521→70.7643857242 Å / SU ML: 0.240473563064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32609457704 / 位相誤差: 25.1162430572
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234886035528 2621 4.9522909778 %
Rwork0.199954106414 50304 -
obs0.201665248867 52925 99.8886456289 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.2001153623 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89931293521→70.7643857242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4711 0 243 357 5311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005839658368125065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.030341761836916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558061660191749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00488825874692871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.52445046182962
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93390.3515589331231210.2811311654852614X-RAY DIFFRACTION100
1.9339-1.9710.3187646171631520.2709628113272608X-RAY DIFFRACTION99.9275887038
1.971-2.01130.2622095601231110.2527666591222633X-RAY DIFFRACTION100
2.0113-2.0550.2791054660551340.2452327268612621X-RAY DIFFRACTION100
2.055-2.10280.3109955026621150.2371950020862641X-RAY DIFFRACTION100
2.1028-2.15540.2832561822761490.2262667510762597X-RAY DIFFRACTION99.9635966509
2.1554-2.21370.2743704939931480.2269916278182611X-RAY DIFFRACTION99.9637681159
2.2137-2.27880.260353792741400.2194498208042638X-RAY DIFFRACTION100
2.2788-2.35240.2980418521971610.2217810853442588X-RAY DIFFRACTION99.9272991639
2.3524-2.43650.2655947721451360.2126766261962608X-RAY DIFFRACTION100
2.4365-2.5340.2498705501771250.2116992396492685X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.64940.2641120239151360.2151060189312628X-RAY DIFFRACTION100
2.6494-2.78910.2607399436851350.2148406499822631X-RAY DIFFRACTION99.9638597759
2.7891-2.96380.2501789310321280.2066428846472681X-RAY DIFFRACTION99.9644128114
2.9638-3.19260.2297932634611380.2081791757692654X-RAY DIFFRACTION99.9641962048
3.1926-3.51390.2362538474751530.1876647753222651X-RAY DIFFRACTION99.9643493761
3.5139-4.02240.2093967601891570.170359644712677X-RAY DIFFRACTION99.859055673
4.0224-5.06750.1794613670341450.1641013317712723X-RAY DIFFRACTION100
5.0675-70.760.202452785491370.1926662006562815X-RAY DIFFRACTION98.5642737896
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.07118898352 Å / Origin y: 16.4696925026 Å / Origin z: -27.1929538399 Å
111213212223313233
T0.271122031729 Å2-0.00129135143829 Å2-0.0285049217168 Å2-0.270963538512 Å2-0.0231394214167 Å2--0.299365306757 Å2
L0.201092773855 °2-0.143419118171 °2-0.330344103255 °2-0.274475061628 °20.0716244249962 °2--1.20228761352 °2
S0.0290009113255 Å °0.0543538660945 Å °-0.0394879353383 Å °0.0106124050023 Å °-0.0238094205087 Å °-0.0336923657734 Å °0.0287188156834 Å °-0.0661208315085 Å °0.000379629273652 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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