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- PDB-7wzs: Crystal structure of Chromobacterium violaceum effector CopC in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wzs
タイトルCrystal structure of Chromobacterium violaceum effector CopC in complex with host calmodulin and caspase-7
要素
  • Calmodulin-1
  • Caspase-7
  • CopC
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lyases; Carbon-nitrogen lyases; Other carbon-nitrogen lyases / ADP-riboxanase activity / caspase-7 / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage ...Lyases; Carbon-nitrogen lyases; Other carbon-nitrogen lyases / ADP-riboxanase activity / caspase-7 / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / fibroblast apoptotic process / Reduction of cytosolic Ca++ levels / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / execution phase of apoptosis / organelle localization by membrane tethering / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of cardiac muscle cell action potential / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / RHO GTPases activate PAKs / : / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Uptake and function of anthrax toxins / Regulation of MECP2 expression and activity / Calcineurin activates NFAT / protein maturation / catalytic complex / DARPP-32 events / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Smooth Muscle Contraction / cellular response to interferon-beta / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / calcium channel inhibitor activity / Protein methylation / eNOS activation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to UV / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / cysteine-type peptidase activity / : / Ion homeostasis / titin binding / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of protein autophosphorylation / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / striated muscle cell differentiation / calcium channel complex / substantia nigra development / adenylate cyclase activator activity / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / sarcomere / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein serine/threonine kinase activator activity / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / VEGFR2 mediated cell proliferation / regulation of cytokinesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / spindle microtubule / RAF activation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein catabolic process / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis
類似検索 - 分子機能
Arginine ADP-riboxanase OspC1-3 / Shigella flexneri OspC protein / Ankyrin repeat / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain ...Arginine ADP-riboxanase OspC1-3 / Shigella flexneri OspC protein / Ankyrin repeat / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / : / EF-hand domain pair / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Caspase-7 / Arginine ADP-riboxanase CopC
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29020202 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Calmodulin Binding Activates Chromobacterium CopC Effector to ADP-Riboxanate Host Apoptotic Caspases.
著者: Liu, Y. / Zeng, H. / Hou, Y. / Li, Z. / Li, L. / Song, X. / Ding, J. / Shao, F. / Xu, Y.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CopC
B: Caspase-7
C: Calmodulin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7533
ポリマ－98,7533
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.871, 90.871, 426.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CopC


分子量: 48446.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
株: ATCC 12472 / 遺伝子: CV_2038 / プラスミド: pGEX6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NWF2
#2: タンパク質 Caspase-7 / CASP-7


分子量: 33055.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#3: タンパク質 Calmodulin-1


分子量: 17250.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALM1, CALM, CAM, CAM1 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DP23

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, 1.5 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→47.65 Å / Num. obs: 21855 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.69 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1562 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K88

1k88


解像度: 3.6→47.65 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3137 1990 9.13 %
Rwork0.2743 --
obs0.2779 21794 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5515 0 0 0 5515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0015630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3527584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6632048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.690.47121380.43161373X-RAY DIFFRACTION99
3.69-3.790.47861380.37461387X-RAY DIFFRACTION99
3.79-3.90.3791350.32781360X-RAY DIFFRACTION99
3.9-4.020.38741380.31281368X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.170.34071400.29081388X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.330.31681410.27291402X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.530.25871410.26131385X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.770.26231380.2551394X-RAY DIFFRACTION99
4.77-5.070.3391420.25771411X-RAY DIFFRACTION100
5.07-5.460.35121420.29471401X-RAY DIFFRACTION100
5.46-6.010.3271440.30881425X-RAY DIFFRACTION100
6.01-6.880.33371440.29251431X-RAY DIFFRACTION100
6.88-8.650.26561490.25221478X-RAY DIFFRACTION100
8.65-47.650.29661600.2471601X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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