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万見
- PDB-7wz6: Crystal structure of MyoD-E47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wz6
タイトルCrystal structure of MyoD-E47
要素
  • Isoform E47 of Transcription factor E2-alpha
  • Myoblast determination protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / E-box / bHLH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate determination / negative regulation of myoblast proliferation / myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / skeletal muscle fiber adaptation / myotube differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / bHLH transcription factor binding / cell development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs ...myoblast fate determination / negative regulation of myoblast proliferation / myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / skeletal muscle fiber adaptation / myotube differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / bHLH transcription factor binding / cell development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / natural killer cell differentiation / lymphocyte differentiation / immunoglobulin V(D)J recombination / Peyer's patch development / Myogenesis / cardiac muscle cell differentiation / skeletal muscle tissue regeneration / cellular response to oxygen levels / myoblast fusion / muscle cell differentiation / myoblast differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of myoblast fusion / DNA-binding transcription activator activity / positive regulation of muscle cell differentiation / muscle organ development / B cell lineage commitment / E-box binding / myofibril / skeletal muscle cell differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / skeletal muscle tissue development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / skeletal muscle fiber development / positive regulation of cell cycle / striated muscle cell differentiation / gastrulation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / erythrocyte differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to starvation / nuclear receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / chromatin DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nucleosome / nervous system development / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to lipopolysaccharide / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein stabilization / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myogenic muscle-specific protein, N-terminal / Myogenic determination factor 5 / Myogenic factor / Myogenic Basic domain / Myogenic determination factor 5 / Basic domain in HLH proteins of MYOD family / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...Myogenic muscle-specific protein, N-terminal / Myogenic determination factor 5 / Myogenic factor / Myogenic Basic domain / Myogenic determination factor 5 / Basic domain in HLH proteins of MYOD family / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myoblast determination protein 1 / Transcription factor E2-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhong, J. / Huang, Y. / Ma, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171186 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of the bHLH domains of MyoD-E47 heterodimer.
著者: Zhong, J. / Jin, Z. / Jiang, L. / Zhang, L. / Hu, Z. / Zhang, Y. / Liu, Y. / Ma, J. / Huang, Y.
履歴
登録2022年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform E47 of Transcription factor E2-alpha
B: Myoblast determination protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7482
ポリマ－15,7482
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.898, 66.858, 68.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Isoform E47 of Transcription factor E2-alpha / Immunoglobulin enhancer-binding factor E12/E47 / Transcription factor 3 / TCF-3 / Transcription factor A1


分子量: 7903.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tcf3, Alf2, Me2, Tcfe2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15806
#2: タンパク質 Myoblast determination protein 1


分子量: 7845.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myod1, Myod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10085
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 0.2 M sodium acetate, 10% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 11081 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 24.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique obs: 531

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1mdy

1mdy


解像度: 2.05→21.18 Å / SU ML: 0.2295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8309
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 1061 9.93 %
Rwork0.2179 9629 -
obs0.221 10690 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→21.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数940 0 0 83 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48651258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0318141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0017166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1124131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.140.30281050.243967X-RAY DIFFRACTION79
2.14-2.260.25751200.22771126X-RAY DIFFRACTION93.54
2.26-2.40.24851400.22861218X-RAY DIFFRACTION99.41
2.4-2.580.2651350.21781231X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.840.29021410.2311244X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.250.25451360.22811237X-RAY DIFFRACTION100
3.25-4.090.21311360.20191270X-RAY DIFFRACTION100
4.09-21.180.24371480.21131336X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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