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- PDB-7wxe: Crystal Structure of Imine Reductase from Paenibacillus mucilaginosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wxe
タイトルCrystal Structure of Imine Reductase from Paenibacillus mucilaginosus
要素6-phosphogluconate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Imine Reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-phosphogluconate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus mucilaginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Shanghai University of Medicine & Health Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Imine Reductase from Paenibacillus mucilaginosus
著者: Wu, K.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ncs_dom_lim / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1042
ポリマ－67,1042
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.771, 133.771, 62.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 23 through 144 or resid 149 through 306))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 23 through 51 or resid 57 through 306))

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.98327963315, -0.00195843130667, -0.182091536263), (0.0749371649661, -0.91570332468, -0.394806082116), (-0.165968624561, -0.401850203081, 0.900539188456)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98327963315, -0.00195843130667, -0.182091536263), (0.0749371649661, -0.91570332468, -0.394806082116), (-0.165968624561, -0.401850203081, 0.900539188456)
ベクター: 73.1804712396, -96.5939885712, -13.6547634057)

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要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase


分子量: 33551.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus mucilaginosus (バクテリア)
遺伝子: B2K_07400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I0BDU9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammouim sulfate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 43954 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1963 / Rpim(I) all: 0.421 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D3F

4d3f


解像度: 2.5→28.96 Å / SU ML: 0.2369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 2871 6.82 %
Rwork0.2059 39209 -
obs0.2089 42080 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 0 138 4434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00864386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0275960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4571570
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.29485798619 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.27271400.21391835X-RAY DIFFRACTION99.9
2.54-2.580.29791520.21471962X-RAY DIFFRACTION99.91
2.58-2.630.24791420.22441878X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.680.27561440.2131915X-RAY DIFFRACTION99.85
2.68-2.740.27951300.21831899X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.80.26321380.19921914X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.860.28081360.19561911X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.930.27571420.21891902X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.010.25241370.20741914X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.10.23171440.19911938X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.20.23641420.21191902X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.310.25821380.21411880X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.450.27791400.20771948X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.60.21121330.2111897X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.790.3727900.33551228X-RAY DIFFRACTION64.45
3.79-4.030.26681440.23951737X-RAY DIFFRACTION91.44
4.03-4.340.22531300.17781925X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.780.25341360.15891927X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.460.23841380.17881899X-RAY DIFFRACTION100
5.46-6.870.21851370.21661901X-RAY DIFFRACTION100
6.87-28.960.18531380.17871897X-RAY DIFFRACTION98.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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