ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7WX5 解像度: 2.273→52.773 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2526 | 1482 | 10.01 % |
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Rwork | 0.2211 | 13328 | - |
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obs | 0.2242 | 14810 | 97.52 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 130.77 Å2 / Biso mean: 33.5335 Å2 / Biso min: 8.7 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.273→52.773 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2160 | 0 | 116 | 105 | 2381 |
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Biso mean | - | - | 49.44 | 31.62 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 267 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 2324 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.137 | 3152 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.057 | 346 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 386 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.28 | 1356 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.273-2.3463 | 0.3352 | 125 | 0.303 | 1127 | 92 | 2.3463-2.4302 | 0.3154 | 126 | 0.2782 | 1141 | 94 | 2.4302-2.5275 | 0.3234 | 130 | 0.2465 | 1165 | 95 | 2.5275-2.6425 | 0.2808 | 134 | 0.2379 | 1201 | 97 | 2.6425-2.7818 | 0.3222 | 132 | 0.2194 | 1195 | 98 | 2.7818-2.9561 | 0.25 | 135 | 0.2152 | 1208 | 99 | 2.9561-3.1843 | 0.3045 | 135 | 0.23 | 1219 | 99 | 3.1843-3.5047 | 0.2308 | 139 | 0.2122 | 1245 | 99 | 3.5047-4.0117 | 0.2344 | 139 | 0.2088 | 1251 | 100 | 4.0117-5.0537 | 0.1848 | 139 | 0.1812 | 1255 | 100 | 5.0537-52.773 | 0.2446 | 148 | 0.2293 | 1321 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.3867 Å / Origin y: -15.4362 Å / Origin z: 11.7052 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1112 Å2 | -0.0141 Å2 | -0.0013 Å2 | - | 0.1302 Å2 | -0.0094 Å2 | - | - | 0.0994 Å2 |
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L | 0.9276 °2 | -0.8915 °2 | -1.0873 °2 | - | 1.2043 °2 | 0.8714 °2 | - | - | 0.8422 °2 |
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S | 0.0178 Å ° | -0.0643 Å ° | 0.0162 Å ° | -0.0637 Å ° | 0.0333 Å ° | 0.0103 Å ° | -0.0985 Å ° | 0.0956 Å ° | -0.0161 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA-3 - 280 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB1 - 2 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC1 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 116 | | | | | | | | |
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