+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wx5 | |||||||||
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Title | a Legionella acetyltransferase effector VipF | |||||||||
Components | N-acetyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Toxin / acetyltransferase | |||||||||
Function / homology | : / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.392 Å | |||||||||
Authors | Chen, T.T. / Lin, Y.L. / Zhang, S.J. / Han, A.D. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2022 Title: Structural basis for the acetylation mechanism of the Legionella effector VipF. Authors: Chen, T.T. / Lin, Y. / Zhang, S. / Han, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wx5.cif.gz | 139.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7wx5.ent.gz | 107.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wx5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/7wx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/7wx5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7wx6C 7wx7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35157.297 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) / Gene: vipF, C3927_15730, DI026_06115 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5C8M4 | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Ammonium acetate,Bis-tris ph5.5,PEG10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97853 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jan 10, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.392→55.088 Å / Num. obs: 13149 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 10.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 01ZP Resolution: 2.392→55.088 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.7 / Phase error: 22.44 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.64 Å2 / Biso mean: 37.5205 Å2 / Biso min: 10.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.392→55.088 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 84.5564 Å / Origin y: 100.0685 Å / Origin z: 11.6756 Å
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Refinement TLS group |
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