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- PDB-7wx5: a Legionella acetyltransferase effector VipF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wx5
タイトルa Legionella acetyltransferase effector VipF
要素N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Toxin / acetyltransferase
機能・相同性acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.392 Å
データ登録者Chen, T.T. / Lin, Y.L. / Zhang, S.J. / Han, A.D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770803 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861138047 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the acetylation mechanism of the Legionella effector VipF.
著者: Chen, T.T. / Lin, Y. / Zhang, S. / Han, A.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2023年2月22日ID: 7C4E
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7763
ポリマ－35,1571
非ポリマー1,6192
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.977, 85.594, 105.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 N-acetyltransferase / VipF


分子量: 35157.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: vipF, C3927_15730, DI026_06115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5C8M4
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate,Bis-tris ph5.5,PEG10000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.392→55.088 Å / Num. obs: 13149 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.392-2.4413.80.1726450.9880.0480.1791.139100
2.44-2.4913.90.1626430.9880.0450.1681.136100
2.49-2.5313.80.1596460.990.0450.1661.129100
2.53-2.5913.60.1566420.990.0430.1621.117100
2.59-2.6413.40.156430.990.0420.1561.122100
2.64-2.713.20.1436620.9910.0410.1491.102100
2.7-2.7712.80.1416420.9920.0410.1471.106100
2.77-2.8512.50.1376570.990.040.1431.118100
2.85-2.9313.70.1356280.9930.0380.141.102100
2.93-3.0213.80.136540.990.0360.1351.07100
3.02-3.1313.80.1216660.9940.0340.1251.026100
3.13-3.2613.70.126430.9930.0330.1251.083100
3.26-3.4113.50.1146580.9940.0320.1191.036100
3.41-3.5812.90.1116490.9940.0310.1151.024100
3.58-3.8112.70.1096590.9930.0310.1131.027100
3.81-4.113.90.1026670.9950.0280.1060.934100
4.1-4.5213.60.0976640.9960.0270.1010.896100
4.52-5.17130.0896800.9940.0260.0930.769100
5.17-6.5112.70.0846760.9930.0250.0870.61100
6.51-50120.0837250.9920.0250.0870.61599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 01ZP

解像度: 2.392→55.088 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.7 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 1315 10 %
Rwork0.2181 11831 -
obs0.2195 13146 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.64 Å2 / Biso mean: 37.5205 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.392→55.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 102 89 2536
Biso mean--48.43 34.08 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9253401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2481473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3923-2.48810.26921410.25031274
2.4881-2.60140.25471450.22591303
2.6014-2.73850.24451430.23341283
2.7385-2.91010.3221460.23221314
2.9101-3.13470.25941460.24761312
3.1347-3.45010.24321430.22251291
3.4501-3.94930.22961480.21631330
3.9493-4.97520.19361470.17961328
4.9752-55.0880.20191560.20191396
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 84.5564 Å / Origin y: 100.0685 Å / Origin z: 11.6756 Å
111213212223313233
T0.1545 Å2-0.0368 Å2-0.0045 Å2-0.1313 Å2-0.0089 Å2--0.1368 Å2
L0.8111 °2-0.9004 °20.8112 °2-1.0637 °2-1.0768 °2--1.2107 °2
S0.0296 Å °-0.0592 Å °-0.0298 Å °-0.132 Å °0.0137 Å °0.0372 Å °0.2177 Å °-0.0766 Å °-0.0012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-3 - 284
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 2
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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